1830 م مأساة أثرت فى حياته وطبعه وسلوكه واتجاهاته كل التأثير ألا وهى مقتل أخيه أسعد (1798 - 1830) لتحوله إلى البروتستنتية مما حمل البطرك المارونى يوسف حبيش (المتوفى عام 1845) على أن يسجنه ويعذبه حتى مات تحت التعذيب (انظر فى ذلك خبريات أسعد الشدياق عند بطرس البستانى) ويمكن أن نؤرخ تحول فارس إلى البروتستنتية فى نهاية 1825 وإن كان دى طرازى فى كتابه الصحافة وكذلك ب. مسعد فى كتابه "فارس الشدياق" يزعمان أنه اعتنق هذا المذهب فى مالطة أى فيما بين 1834 و 1848 م ولكنه رأى مرفوض (انظر السياق 1/ 773 - 378) ونجد فى صفحة 130 - 133 ما يؤكد أنه اتصل بالبعثة الإنجيلية البروتستنتية قبل مغادرته لبنان إلى مصر التى ظل مقيما بها من 1825 حتى 1834 م وفيها كان أول زواج له من مارونية ولدت فى "الصولى" وأنجب منها ولديه "سليم" (1826 - 1906) و"فايز" (1828 - 1856 م). وتسنى له فى مصر أن يتصل بجماعة من كبار العلماء والأدباء مثل نصر اللَّه الطرابلسى (1770 - 1840 م) وشهاب الدين محمد بن إسماعيل المالكى (1803 - 1857 م) وقد أتاح له وجوده فى هذه البيئة الجو الملائم لدراسة العربية والمنطق واللاهوت وعلم الكلام، كما اختير محررا بصحيفة الحكومة الرسمية وهى الوقائع المصرية محل رفاعة الطهطاوى. ثم سأله رئيس الارسالية الإنجيلية البروتستنتية أن ينتقل إلى مالطة فانتقل إليها وأمضى فيها بضع سنوات (1834 - 1848) يعلم العربية وينسخ المصادر ويصحح المخطوطات. ولم يقطع هذه الحياة الجافة إلا مرتين فقط عاد فى أولاهما سرا إلى لبنان سنة 1837 م وزار فى ثانيتهما انجلترا سنة 1845 م، ثم دعى إلى لندن سنة 1848 م ليساعد فى ترجمة الإنجيل وهنا طلق زوجته الأولى وتزوج إنجليزية وحصل على حق الحماية البريطانية ومات له حينئذ ثالث أولاده. ولما تمت ترجمة الإنجيل فى أقل من عشرين شهرا استقر فى باريس حيث نظم قصيدتين مدح فى واحدة منهما أحمد باشا باى تونس