كان من أهل العلم والفقه والدين؛ وله عدة مصنفات منها: كتاب "المجالس والمسايرات"؛ وهو إلى جانب ما ورد فيه عن تاريخ الخلفاء الفاطميين (المهدي والقائم والمنصور والمعز)، يعد من أهم كتب الدعوة الإسماعيلية؛ إذ استمد مؤلفه مادته من الإِمام المعز؛ ويتميز بسهولة أسلوبه، وانسجام ألفاظه ومعانيه. ومن كتب أبى حنيفة النعمان فى الفقه الإسماعيلى كتاب "دعائم الإسلام، فى ذكر الحلال والحرام، والقضايا والأحكام". وقد استغل النعمان ميوله المذهبية فى تأليف هذا الكتاب، حتى إننا نراه يضيف إلى قواعد الإسلام الخمس: الولاية، وهى حب أهل البيت، والطهارة.

وكان الخلفاء الفاطميون يكتبون لداعى الدعاة عهداً يوضحون فيه الخطة التى يجب عليه أن يحتذيها فى عمله.

وكان يعقوب بن كلس، وزير الخليفة العزيز بالله، من أشهر علماء الدعوة الفاطمية" وله أثر كبير فى نشاط الحياة العقلية فى مصر.

وبلغ من تفوق يعقوب بن كلس فى دراسة الفقه الفاطمى، أنه ألف فيه عدة كتب، منها كتاب فى الفقه، يتضمن ما سمعه من المعز والعزيز" وهو يشمل فقه الإسماعيلية، وكتاب "مختصر الفقه"؛ وهو المعروف بالرسالة الوزيرية. ويحدثنا المقريزى "أن الناس كانوا يفتون بكتابه فى الفقه، كما درس فيه الفقهاء بجامع مصر".

ويرجع إلى الوزير يعقوب بن كلس الفضل فى إسباغ الصفة الجامعية على الأزهر؛ فقد أشار فى سنة 378 هـ على الخليفة العزيز بتحويله إلى معهد للدراسة، بعد أن كان مقصوراً على إقامة الصلاة، ونشر الدعوة الفاطمية؛ فاستاذنه فى أن يعين بالأزهر بعض الفقهاء للقراءة والدرس، على أن يعقدوا مجالسهم بهذا الجامع فى كل جمعة من بعد الصلاة حتى العصر؛ فرحب العزيز بذلك، ورتب لهؤلاء الفقهاء -وكان عددهم خمسة وثلاثين- أرزاقاً شهرية؛ وأنشأ لهم داراً للسكنى بجوار الأزهر؛ وخلع عليهم فى يوم عيد الفطر؛ كما أجرى عليهم ابن كلس أيضًا، أرزاقًا من ماله الخاص.