التنظيمات وجعل المشيخة الإسلامية مصلحة تتولى الأمور الدينية الصرفة فحسب (انظر مثلا جريدة طنين، 31 اكتوبر و 2 نوفمبر سنة 1916). وكانت هذه الروح هى التى أملت إنشاء إدارة فى المشيخة سنة 1917 تدعى "دار الحكمة الإسلامية" تتسم وظيفتها بالدعوة إلى الدين. ومع ذلك فإن الإصلاحات التى أحدثها حزب تركية الفتاة ألغيت بعد إبرام هدنة مدروس فى 2 نوفمبر سنة 1918. على أنه ما إن حل هذا الوقت حتى كان عمر المشيخة قد أشرف على النهاية، ذلك ان كل ما تبقى فى الآستانة من الإدارات الحكومية القديمة للدولة العثمانية قد ألغى فى نوفمبر سنة 1922، وجمع عمال الحكومة الجديدة بأنقرة فى أيديهم اختصاصات هذه الإدارات، ولم يعد يدخل فى هذه الحكومة مشيخة للإسلام. صحيح أنه قد أنشئت عند قيام هذه الحكومة "وكالة شرعية" (شرعية وكالتى) إلا أن نزعة المجلس الوطنى الكبير المناهضة لنظام مشايخ الدين لم تكن لتسمح ببقاء صورة من صور المشيخة الإسلامية، فاستبدل بها إدارة متواضعة يقال لها "ديانت إشلرى رئيسلى" بحكم قانون أقره المجلس الوطنى الكبير فى 3 مارس سنة 1924، وهو اليوم الذى ألغيت فيه الخلافة العثمانية.

ونجد أوفى وصف لمنصب شيخ الإسلام على أواخر أيامه فى "علمية سالنامه سى" الذى نشرته سنة 1334 هـ (1916 م) مشيخة الإسلام التى كانت حينذاك تحظى برياسة مصطفى خيرى أفندى الحازمة. وكانت أهم) إداراتها: "فتوى خانه" و"مجلس تدقيقات شرعية" وهى نوع من محاكم النقض للمحاكم الشرعية؛ وإدارة للإشراف على شئون المدارس (درس وكالتى ومصالح طلبية)؛ وإدارة تتولى شئون الفرق الصوفية (مجلس مشايخ)؛ وإدارة لبيت المال (أموال أيتام). وكان ثمة أيضا أقسام إدارية للمحفوظات والمكاتبات والحسابات، وكانت الولاية على ذلك لوزير (مستشار) مثل الحكومات الأخرى. وكان ديوان شيخ الإسلام أيضا (شيخ الإسلام قابيسى) يضم المحاكم الشرعية الكبرى التابعة لقاضى