وكان للسنوسى ولدان: سيدى محمد المهدى (المولود عام 1744 والمتوفى 1901 بكورو)، وهو خليفته، وسيدى محمد الشريف (المولود عام 1846 والمتوفى عام 1896)؛ وخلف الولد الأكبر ابنين هما: سيدى إدريس (ولد عام 1883 ومنح أرضًا فى الغرب عام 1909. ونصب أميرًا تحت الحماية الإيطالية من سنة 1916 إلى سنة 1923)، وسيدى الرضا؛ وأعقب الولد الأصغر ستة أبناء هم: سيدى أحمد شريف (ولد 1880؛ وهو شيخ الطريقة السنوسية من سنة 1901 إلى سنة 1925, وقد انضم إلى ألمانيا وشخص إلى تركية، وأخذ منذ سنة 1921 يوجه حملة إسلامية جامعة من أنقرة)، وسيدى محمد العابد (وقد منح أرضًا فى الجنوب، فى فزان منذ سنة 1909، ومن ثمّ دبر فتنة الصحراء فى وجه فرنسا فى السنوات من 1916 - 1918 م)، وسيدى على الخطابى، وسيدى صفى الدين (رئيس البرلمان الإيطالى فى برقة عام 1921) وسيدى الحلّال، وسيدى الرضا.

وكان مقر الطريقة فى جغبوب (1855 - 1895) ثم نقل إلى الكفرة (1895) ثم إلى كورو (1899) ثم عاد إلى الكفرة (1902)، فى حين ارتفع عدد الزوايا من 22 زاوية سنة 1859 إلى 100 زاوية سنة 1884.

وقد ترك سيدى محمد بن على السنوسى أربعة مصنفات علاوة على وصاياه الخاصة بالدخول فى طريقته (أنواع الورد؛ والسّر "يالطيف" مرددة ألف مرةَ)؛ وهذه المصنفات الأربعة هى: مصنف فى الأصول، وآخر فى التوافق بين القرآن الكريم والحديث (المقرر دون اعتبار لتقليد أى مذهب من المذاهب الأربعة؛ وينادى المؤلف بالاجتهاد بالرغم من أنه قيل أنه مالكى) ومصنفان فى التصوف: "الفهرسة"، ويعدد فيه أسناده (الشرعيين وعددهم 150 منهم 64 من المتصوفة) الذين يثبتون صحة طريقته، و"سلسبيل معين فى الطرائق الأربعين"، ويشتمل على صيغ الذكر فى الأربعين طريقة السابقة التى جاءت طريقته خلاصة لها جميعا، وهذا المصنف هو أغرب مصنفاته كلها، فبينما هو يسوق الروايات التى اشتمل عليها مصنفه بما يفهم منه أنه تلقاها شفاها، إذا به يعترف بأنه نقلها عن الرسالة لحسنُ عجيمى (1113 هـ = 1702 م)،