إلى هراة، ولكنه توقف لوفاة جوجك بيكم ابنة بديع الزمان واقتراب شيبانى، ولم يشخص إلى قندهار. وذهب مرة أخرى أيضًا في سفارة إلى خسرو شاه في كندز ولكن سفارته لم تنته إلى شيء. وبذلت محاولة ضعيفة عند مرل للوقوف في وجه شيباني، إلا أن الأميرين ركنا إلى الفرار وذبح ذو النون أرغون الشجاع. وأعقب ذلك السير إلى هراة في مارس سنة 1507، وقد أناب السكان عنهم خواندمير وابن أخيه عثمان الذي كان يشغل منصب محتسب المدينة لمقابلة شيبانى في معسكره والحصول على شروط التسليم. وقد ذهب عثمان في هذه المهمة وأفلح في مقابلة شيبانى وإن كان قد نهب في الطريق وجرد من ثيابه.

وظل خواندمير في هراة بعد سقوطها، وزودنا بأخبار مقبولة عما لاقاه هو وأصدقاؤه من عنت الأزابكة. وكان خواندمير أيضًا في هراة عندما هزم الشاه إسماعيل شيبانى وقتله واستولى على المدينة في عام 1510. وفي عام 920 هـ (1514 م) اعتزل خواندمير الناس، واستقر في قرية بَشْت أو بشت في غرجستان من أعمال شمالى فارس وليس في الكرج كما ذهب إلى ذلك إليوت صلى الله عليه وسلمlliot, واشتغل هناك بتأليف كتبه (انظر de Sacy عن غرجستان في Mines de l'Orient جـ 1، ص 321). ثم التحق خواندمير بمحمد زمان التافه الشأن، وهو أكبر أبناء مولاه السابق، وربط مصيره بمصيره مدة من الزمن في بلخ وغيرها. فلما عزم محمَّد زمان على السير إلى قندهار استأذنه خواندمير في العودة إلى بشت. ولا شك في أنه استقر في هراة بعد ذلك؛ لأنه كان بها في يوليه عام 1527 عندما غادرها إلى قندهار. ولم يمكث خواندمير طويلًا في أفغانستان، فقد ذهب إلى الهند في مارس عام 1528 ووصل إلى آكره ومثل بين يدي بابر في سبتمبر، ثم صحبه في عام 1529 إلى البنغال، وكان معه عند تريموهينى Trimohini وهو ملتقى نهر سرجو بنهر الكنج (انظر حبيب السير طبعة حجرية، جـ 2، ص 84، نهاية الجزء الرابع من المجلد الثاني) وتوفي