على طول الضفة اليمنى أي الشرقية للنيل الأزرق.

وقد اتخذ المصريون مدينة الخرطوم قاعدة لهم لوقوعها عند ملتقى الطريقين المائيين الرئيسيين، وأصبحت عاصمة للبلاد عام 1823، ولكن لم يبدأ تشييد مبانيها بالآجر إلا عام 1839. والخرطوم مقر الحكومة ومركز النشاط التجارى، ومن ثم أصبحت أيضًا مركزا لتجارة الرقيق.

وغادر السير صمويل بيكر مدينة الخرطوم عام 1862 للكشف عن منابع النيل، ثم في عام 1870 صوب الجنوب للقضاء على تجارة الرقيق بدافع من ضغط الدول الأوربية على مصر في هذا الشأن، ولفتح الأقاليم التي في الجنوب ووصل الجنرال غوردون إلى الخرطوم أيضًا في فبراير عام 1874 عندما اختير حاكمًا عامًا للأقاليم الاستوائية، ولكنه تخلى عن هذا المنصب في أكتوبر عام 1876. ثم عاد في فبراير عام 1877 وهو كاره أشد الكره أن يشغل منصب الحاكم العام للسودان، ولكنه استقال من منصبه في ديسمبر عام 1879 بعد أن يأس من إدخال أي اصلاح في إدارة البلاد. ولما شبت ثورة المهدى عاد غوردون مرة ثانية في فبراير عام 1884 ليشغل منصب الحاكم العام، واشترك اشتراكًا فعالا في الدفاع عن الخرطوم ضد الدراويش، وقد لقى حتفه في ذلك القتال على سلالم قصره في السادس والعشرين من يناير سنة 1885؛ ولم تصل النجدة البريطانية إلا بعد ذلك بيومين فلم يستعن بها في شئ. وتخلى الدراويش عن الخرطوم ليستطيعوا الاحتفاظ بأم درمان فاستردتها الجيوش البريطانية والمصرية بقيادة اللورد كتشنر بعد إنهزام الدراويش. وقد بدئ في الحال بإعادة تشييد مدينة الخرطوم عقب إعادة فتح السودان، فأنشئ قصر جديد من ثلاث طبقات على أسس القصر القديم ولا تزال في الحدائق الفسيحة القائمة هنالك شجرة ورد مزدهرة تعرف باسم شجرة ورد غوردون نسبة إلى غارسها. وأعيد بناء مدينة الخرطوم وفق الخطة التي وضعها اللورد كتشنر وراعى فيها تقدم المدينة ونموها في