وظل على باشا يتولى الحكم قرابة عشرين سنة لم تواجهه فيها أحداث، ولكنه واجه سنة 1752 فتنة ابنه يونس، ثم واجه ما هو أخطر سنة 1756 فقد انقض عليه ابن عمه محمد بن الحسين وغزا تونس بمعاونة الجنود الجزائريين. ونهب هؤلاء المدينة التى كان يتولى حمايتها حامية ضعيفة جنود تونسيون جندهم على باشا ليحلوا محل الإنكشارية الأتراك.

وخلف محمدا (1756 - 1759) أخوه على بك (1759 - 1782) الذى عاد إلى السياسة القديمة التى كانت تقضي بتجنيد القوات من الشرق. ولم يعترف السلطان العثماني بعلى بك إلا واليا على ولاية تونس فحسب، إلا أن الباى كان في الواقع ينعم باستقلال ذاتى يوشك أن يكون استقلالا كاملا، ذلك أن الحكومة التركية لم تتدخل بحال في الشئون الداخلية لتونس، وظلت الأمور تسير على هذا المنوال حتى سنة 1835 واستطاع الباي بذلك أن يبرم معاهدات مع الدول الأوربية ونشأت الخلافات في الرأي بين تونس وفرنسا أول ما نشأت في عهد على باشا سنة 1741 - 1742 حول شركة إفريقية، واستفحل الخلاف سنة 1769 - 1771 في عهد على بك حول ضم جزيرة قورشقة إلى فرنسا واحتكار صيد المرجان، وبفضل زوج ابنة الباى وكبير وزرائه مصطفى خوجه سوى هذا الخلاف ومن يومها استقر قنصل عام فرنسى في تونس.

أما الباى التالى حمودة باشا (1783 - 1814) فقد وجد نفسه في صدام عنيف مع البنادقة (1784 - 1792) الذين قذفوا بالقنابل السوس والقلعة وتعاونوا مع الجزائريين فغزوا الأراضى التونسية مرتين، مرة سنة 1807, ومرة سنة 1813. وفى تونس نفسها ألفى حمودة باشا نفسه يواجه فتنة أشعلها الإنكشارية. واستطاع بمعاونة يوسف صاحب الطابع ورئيس الوزراء الفعلى أن يخمد هذه الفتنة وحلَّ آخر الأمر فرقة الإنكشارية (1811). وحمودة باشا هو الذى أقام دار الباي بالقرب من القصبة كما شيد قصر المنُّوبة.