وفى خلافة المكتفى (289 - 295 هـ = 902 - 908 م) أحرز حسين بوصفه نائبًا لمحمد بن سليمان صاحب ديوان الجيش، نصرًا بارعًا سنة 291 هـ (903 م) على حسين بن زكرويه القرمطى (صاحب الخال) ففر ولم يلبث أن أسر. واشترك مع محمد ابن سليمان هذا فى إعادة فتح مصر وانتزاعها من آخر أمراء الأسرة الطولونية سنة 292 هـ (904 - 905 م) وكان فى هذا الفتح على رأس طليعة الجيش، وكان حسين أول من اتصل بالمتآمرين الذين كانوا يدبرون للخلاص من الطولونيين الذين كانوا يضغطون عليه للسير إلى الفسطاط. وجاء فى رواية أن محمد بن سليمان أراد أن يوليه أمر مصر، على أن حسينًا رفض وآثر أن يعود إلى بغداد حاملًا معه قدرًا كبيرًا من الغنائم.

وفى سنة 293 هـ (905 - 906 م) وُلىَّ قيادة جيش أنفذ إلى بنى كلب فى الشام الذين كانوا تمردوا بتحريض من القرامطة، فأجبرهم على الفرار إلى الصحراء، ولكنه عجز عن تعقبهم، فقد شغلوا الآبار فلم يجد مناصًا من الرجوع إلى نهر الفرات عند الرحمة فأتاح بذلك الفرصة لبنى كلب أن يتقدموا حتى الفرات الأدنى حيث هزموا جيشًا سيره إليهم الخليفة عند القادسية ونهبوا قافلة الحجاج فى أواخر سنة 906 م.

وأجبر بنو كلب والقرامطة على الفرار آخر الأمر بعمل حربى وجه من بغداد وحاولت فلولهم أن تعود إلى الشام عن طريق الفرات فأفناهم حسين ابن حمدان فى جمادى الآخر سنة 294 (مارس - أبريل سنة 907).

وبعد ذلك ووجه حسين بمشكلة بعض العصاة من القبائل العربية، وخاصة بنى كلب، بين الفرات وحلب، وهنالك استطاع سنة 259 هـ (907 - 908 م) مع تميم الذين كانوا قد أقبلوا لنهب الجزيرة، أن يردهم إلى الشام وهزمهم بالقرب من خناسية.