وجاء في المراجع الخاصة بالطبقات أن بهاء الدين ترك بلخ لنزاع قام بينه وبين خوارزمشاه علاء الدين محمد وفخر الدين الرازي المتوفى سنة 606 هـ (1209 - 1210 م) الذي كان خوارزمشاه يشمله برعايته، فلما بلغ ابنه جلال الدين خمس سنوات (أفلاكى، طبعة يازيجى، جـ 1، ص 161) سنة 609 هـ (1212 - 1213) هاجر بهاء الدين إلى المغرب. والحق أن مواعظ بهاء الدين تشمل حملات على خوارزمشاه وعلى المتكلم الذي ذكرناه أنفًا. على أن يستدل من هذا الكتاب المعهود في المواعظ على أن بهاء الدين كان في وخش بين عامي 600 و 607 هـ (1203 - 1211 م) وفي سمرقند سنة 609 هـ (1212 - 1213 م)؛ انظر معارف مجموعه، طبعة فروزانفر، المقدمة، ص 37، فيه ما فيه، طبعة فروزانفر نفر، ص 173). علي أنه لا شك في أن بهاء الدين عاد من سمرقند إلى بلخ، ذلك أن المراجع تذكر أن هجرته تمت من هناك. والقول بأن هذه الهجرة وقعت سنة 609 هـ (1212 - 1213 م) هو على آية حال تاريخ مبكر جدًّا (Isl، جـ 26، ص 117 وما بعدها). ذلك أنه إذا أخذنا برواية أفلاكى التي تقول إنه لم يبلغ ملطية إلا سنة 614 هـ (1217 م) فإن المرء قد يذهب إلى أنه هاجر سنة 614 هـ (1217 م) أو في السنة التي قبلها. ولا يمكن أن نجزم: هل كانت مشاحنته مع خوارزمشاه ترتبط. بموقف خوارزمشاه العدائى حيال خليفة بغداد، على أن ذلك أمر محتمل. وفي سنة 616 هـ (1219 م) كان بهاء الدين في سيواس، وقضى أربع سنوات أو نحوها في آقشهر بالقرب من أرزنجان، ثم شخص إلى لارندة. والراجح أن ذلك كان سنة 619 هـ (1222 م) وظل بها سبع سنوات. وفي لارندة قبر أم مولانا: مؤمنة خاتون (عزمى أوجى أو غلى: قره مان ده مادر مولانا جامى وتربه سى في قونيه در كيسى، جـ 5، رقم 5، وزوّج بهاء الدين ابنه في لارندة لجوهر خاتون بنت شرف الدين لالا.
وفي سنة 626 هـ (1228 م) نزحت الأسرة مستجيبة لرجاء الأمير السلجوقى علاء الدين كيقباذ إلى قونيه