الإسلام المالكي والحنفى نظارًا للمسجد ويتقاضون مائة قرش في الشهر. ويعاونهما في عملهما قاضيان من المذهبين يتقاضى كل منهما ثلاثة قروش يوميًا. ويشرف الشيخان والقاضيان على حساب القوامين على بيت المال الذي تؤخذ منه هذه الرواتب. فإذا بقى من هذا المال فائض وزع بشروط خاصة على أنبه الطلاب. ويعين المدرسون بمرسوم من الباى (ظهير) بناء على اقتراح المفتشين والقاضيين.

ولم تنظم شئون المسجد تنظيمًا أكثر تفصيلًا مما سبق إلَّا في عهد خير الدين. فقد أصدر صادق بأى في الثامن والعشرين من ذي القعدة عام 1292 (26 ديسمبر سنة 1845 م) أمرًا عاليًا من سبع وستين مادة ينص على العلوم التي تدرس بالمسجد والكتب التي تشرح وحقوق الطلبة والمدرسين والمشرفين وواجباتهم ونظم المكتبة. وقد عدلت مواد هذا الأمر العالى مرات بعد ذلك فاقتضى الأمر مرسوم آخر محله صدر في 16 سبتمبر سنة 1915. من 81 مادة وبعض ملاحق، ويسير المسجد بمقتضاه إلى الآن. وفي هذا المرسوم خليط من أحكام التربية العتيقة ووصايا تحث على الاستقامة والتخلق بحميد الخصال، كما نهت المادة 19 منه عن الشك في المذاهب التي أخذ بها السلف من العلماء.

والعلوم التي تدرس في المسجد الجامع أزيد من "فروع المعرفة الأحد عشر" التي تدرس في الجامع الأزهر بمقتضى القانون الصادر في سنة 1872 وأكثر منها تنوعًا، ونحن نذكرها فيما يلي كما وردت في المادة الأولى من المرسوم: التفسير والحديث والسير والتوحيد وقراءة القرآن وتجويده والمصطلح وأصول الفقه والفقه والفرائض والتصوف والمبقات والنحو والصرف والمعانى والبيان واللغة والإنشاء والأدب والتاريخ والجغرافيا والرسم والخط والعروض والمنطق وآداب البحث والحساب والهندسة والهيئة والمساحة. وقد أهملت العلوم