وشرعت حكومة النمسا والمجر في إدخال منهجها في التعليم الأميرى، دون أن تتدخل في شئون المدارس المحلية وكان تعليم الدين إجباريًا في المدارس الأميرية. وبقيت المكاتب والمدارس (التركية) مدارس دينية. وأصبح التحاق الأطفال المسلمين بالمكاتب إلزاميا بمقتضى ما سنه قانون سنة 1909 من لوائح. ولم يكن يمكن السماح لطفل مسلم بدخول مدرسة ثانوية مالم يكن قد سبق له دخول المكتب. واتخذت إجراءات معينة لإصلاح المكاتب ولكن لم تهيأ لها أسباب النجاح في معظم الحالات. وفي سنة 1909 كان هناك زهاء 1000 مكتب قديم (صبيان مكتبى) و 92 مدرسة (مكتب ابتدائى) واعتبرت الرشديات ضمن المدارس الأولية لأطفال المسلمين واستمرت كذلك من بعد مع إصلاح برامجها -في القرى وبليدة برجكو فحسب- واستخدمت المدارس (القديمة) مدارس تدريب للوظائف الدينية المتواضعة. وفي سنة 1887 م أنشئت كلية لطلبة الشريعة ولقضاة المحاكم الشرعية مستقبلا. وأنشأ ديوان الأوقاف في سنة 1892 كلية لمعلمى المكاتب. وكان الطلبة المسلمون في مدارس الدولة مخيرين بين تعلم اليونانية القديمة أو العربية.

ولم تعترف الدولة أثناء تعاقب الحكومات اليوغوسلافية المتتالية بعد الحرب العالمية الأولى إلا بالمدارس الابتدائية التي لم يستوعب عددها القليل أطفال المسلمين في سن التعليم. وكان التعليم الدينى يدرس لجميع التلاميذ الملتحقين بالمدارس الابتدائية، وأصبحت المكاتب مدارس أولية أو معاهد لتعليم القرآن. وكان الدين يدرس في جميع المدارس الثانوية كذلك، وفتحت مدرسة ثانوية أميرية للشريعة في سراييفو سنة 1918 م. وبقيت كلية تدريب القضاة الشرعيين موجودة حتى سنة 1937، وهنالك أنشئت مدرسة عليا للشريعة وأصول الدين الإسلامي في مستوى الكلية. وتولى ديوان الأوقاف الإنفاق على كلية معلمى المكاتب، وهي المدارس التي أصبحت الآن ثانوية لتدريس مواد أصول الدين