الإسلامي في مدارس الحكومة وفي المعاهد العامة الأخرى، ويعرضون أسماء المرشحين على الحكومة الأقليمية لاعتماد تعيينهم. ويقوم بامتحان المرشحين لمناصب القضاء الشرعي ولمناصب معاهد الوقف التعليمية ويعطى إجازات لهم. ويرشح أشخاصًا لمناصب الإفتاء ويعرض الأمر على الحكومة الإقليمية.

ويتمتع رئيس العلماء بحقوق خاصة هي تعيين "المراسلات" للقضاه الشرعيين وتعيين الأئمة والخطباء والإشراف على كلية الشريعة "سراييفو". وعلى مجلس العلماء أن يستفتى شيخ الإسلام بالآستانة في مسائل الشرع المشتبه فيها أو المختلف عليها. وترسل الوثائق التي تتضمن هذا الاستفتاء إلى شيخ الإسلام بالطرق الدبلوماسية بواسطة الحكومة الإقليمية ويصل الرد بهذه الوسيلة أيضًا.

وهناك مفت بكل مركز من مراكز البوسنة والهرسك. وتقوم الحكومة الإقليمية بتعيين المفتين بعد أن يرشحهم مجلس العلماء. وتفصيل ذلك أن المجلس يرشح لكل منصب اثنين ممن تتوافر فيهم المؤهلات المطلوبة، وتختار الحكومة واحدًا منهما. وأهم واجبات المفتى هي إصدار الفتاوى عند الحاجة وزيارة المساجد وغيرها من أماكن العبادة ليتأكد من أن برنامج تعليم الدين الإسلامي كما وضعه مجلس العلماء متبع في المدارس الحكومية والدينية والمعاهد الأخرى، وترأس امتحانات التلاميذ في المدارس إلخ.

والحكومة الإقليمية لها حق تشييد وصيانة المعاهد في البوسنة والهرسك لترقية تعليم الدين الإسلامي بالتعاون مع مجلس العلماء. وأهم معاهد وقف معارف هي المكاتب والمدارس. وللجمعية الأقليمية أن تنشئ معاهد أخرى لتعليم صبيان المسلمين، ولكن لا بد من تصديق الحكومة الإقليمية في هذه الحالة، والتعليم غير الدينى في مدارس وقف معارف يمكن أن يقوم به مدرسون مهيأون لهذا الغرض، والمكاتب هي مدارس ابتدائية لتعليم الدين الإسلامي، والتعليم فيها مجانى. ومجلس العلماء