حط رحاله فى الشام وفى سنة 612 هـ فى دمشق أدين لأفكاره المناهضة للفكر العلوى، ففر إلى حلب والموصل وخراسان ومَرْو وقضى فى هذه المدينة الأخيرة زهاء عامين حيث راح ينقب فى مكتباتها ويتفحص كل ما تصل إليه يداه من كتب، وفى مَرْو راح يجمع مواد كتبه الكبرى. وفى نهاية سنة 615 هـ/ 1218 م ترك مرو متوجهًا إلى خُوارِزْم (وهى مدينة خيوا الحالية) ولما سمع بمقدم جحافل المغول بقيادة جنكيز خان سنة 616 هـ/ 1219 م أسرع بالهرب إلى الموصل التى وصلها منهكا تمامًا بعد أن خلف ممتلكاته الشخصية وراءه فى خوارزم، وكان وصوله للموصل فى رجب سنة 617 هـ/ سبتمبر 1220 م، وقد كتب خطابا إلى الوزير ابن القفطى الذى كان وقتها فى حلب يطلب منه المساعدة فوصله الوزير سنة 619 هـ/ 1222 م وألحقه بخدمته، وبعد عامين عاد ياقوت إلى الموصل واستقر فيها لينهى كتابه الجغرافى (معجم البلدان)، وقد فرغ منه بالفعل فى 20 صفر سنة 621 هـ/ 13 مارس 1224 م. لكنه لم يُطل المقام على أية حال- فى الموصل، وإنما توجه إلى مصر فى نهاية سنة 621 هـ وعاد إلى حلب فى بداية سنة 625 هـ/ 1228 م ووضع اللمسات الأخيرة فى معجمه الجغرافى ثم وافته منيته فى 20 رمضان 626 هـ/ 20 أغسطس 1229 م.

وبعض أعمال ياقوت يبدو الآن أنها فقدت مثل كتاب المَبْدأ والمآل، وكتاب الدول وهما فى التاريخ, وكتاب أخبار المتنبى وكتاب أخبار الشعراء، ومعجم الأدباء ومعجم الشعراء وهما فى التراجم وكتاب عنوان الأغانى الذى ربما كان مختصرًا لكتاب الأغانى لأبى الفرج الأصفهانى. وليس لدينا من أعمال ياقوت سوى هذه الكتب التى ندرجها على النحو التالى:

كتاب المقتضب فى الأنساب (مخطوط بالقاهرة).

كتاب إرشاد الأريب إلى معرفة الأديب (وقد ذكره ابن خلكان بعنوان: إرشاد الألبّاء إلى معرفة الأدباء) وهو مشهور باسم معجم الأدباء أو طبقات الأدباء (حققه الباحث مرجليوث ونشر