الصليبية الثالثة (1099 - 1187 م) وقد حاول الوزير الأفضل -عبثا- أن يستولى عليها سنة 1101 و 1105 و 113 و 1115 م وبعد مقتله أمر الخليفة الآمر بحصارها سنة 1122 م لكن بدون جدوى. وبعد معركة حِطّين (583 هـ/ 1187 م) استسلمت معظم المدن الساحلية لصلاح الدين، واستسلمت يافا لأخيه الملك العادل لكن رتشارد قلب الأسد استعادها سنة 587 هـ/ 1191 م وحاصرها صلاح الدين سنة 1192 م واستعادها لكنه -على أية حال- لم يستول على القلعة، وهرع رتشارد قلب الأسد لنجدة حاميتها وأخرج منها جند صلاح الدين وأعاد تحصينها.

وعلى أية حال فبحلول, عام 593 هـ/ 1197 م استعاد الملك العادل (أخو صلاح الدين) يافا وحطم تحصيناتها، ويقال إنه قتل أثناء القتال 20.000 صليبى. وفى العام التالى استولت عليها القوات الصليبية بشكل مؤقت ذلك أن الملك العادل قد استعادها بهجوم مباغت. وبعد الحملة الصليبية الرابعة (1204 م) وقعت المدينة مرة أخرى فى أيدى الفرنجة وأعاد الأمبراطور فريدريك الثانى تحصينها سنة 228 م، وكذلك فعل لويس التاسع سنة 1250 م بعد إطلاق سراحه.

وأثناء حكم المماليك كانت يافا تابعة إداريا للرملة التى كانت تشكل إحدى أربع مناطق إدارية تشكل ما يعرف بمملكة دمشق mamlaka عز وجلimashls, وعلى أية حال فقد كانت لفترة من الفترات تابعة لغزة وكان هذا فى عهد خلفاء صلاح الدين.

وهاجم بيبرس يافا على حين غرّة فى 20 جمادى الآخرة سنة 666 هـ (8 مارس 1268 م) واستولى عليها وعلى قلعتها فى يوم أو يومين فهدم المدينة وكل بيوتها وأسوارها وقلعتها. وقد بنى أحد الأمراء ويقال له جمال الدين ابن إسحاق سنة 736 هـ/ 1335 م ضريحا عرف بقبة الشيخ مراد لا زال قائمًا. وعندما كان ملكًا انجلترا وفرنسا يخططان لحملة صليبية جديدة فى سنة 1336 م خرب الناصر ميناء يافا حتى لا يمكن الفرنجة من الرسوّ.