لقد صنف الإمام الدارقطني في فنون عديدة، منها في الحديث وعلومه وأسماء الرجال والقراءات، والفقه، والعقيدة وكان حسن التصنيف والتأليف، وله مؤلفات قد أحصى الدكتور عبدالله الرحيلي في رسالته: " الإمام الدارقطني وكتابه السنن " مصنفاته الموجودة منها والمفقودة، والمطبوع منها والمخطوط فبلغت ثلاثة وخمسين كتاباً (?)، وأحصى الدكتور موفق عبدالقادر في مقدمة تحقيق كتابه المؤتلف والمختلف مصنفات الدارقطني فذكر له اثنين وثمانين مصنفاً (?).
وأكتفي هنا بذكر بعضها:
1. كتاب الأفراد، لا يوجد منه إلا جزءان في دار الكتب الظاهرية، وتوجد صورة منه في قسم المخطوطات بالجامعة الإسلامية، ومكتبة المسجد النبوي قسم المخطوطات من مجموع برقم حاسب (8423) وعدد أوراقه 10، بخط نسخي معتاد، عدد الأسطر 17 مقاس 30:41، والمخطوط عليه بعض السماعات وعلى الرسالة سماع ليحيى بن منده سنة 469هـ، وقد رتب أطرافه ابن طاهر القيسراني على مسانيد الصحابة، قدم مسانيد العشرة المبشرين بالجنة، ثم رتبه على حروف المعجم، توجد في قسم المخطوطات بالجامعة الإسلامية نسختان مصورتان، إحداهما من دار الكتب المصرية بالقاهرة، وثانيهما من كلية القرويين بفاس، بالمغرب.