إذن فقد يكون تنظيم المحتوى على أساس منهج المواد الدراسية المفصلة أو على أساس المنهج المحوري أو الوحدات، فهذا هو التنظيم الخارجي لمحتوى المنهج.. ولكن كيف تكون العلاقة بين العلوم الشرعية وبين العلوم الكونية في التصور الإسلامي لمنهج التربية؟
من خلال التصور السابق لمفهوم التربية, ومفهوم المنهج, ومفهوم الدين, ومفهوم العبادة, ومفهوم التعلم, يرى معظم المفكرين ضرورة تكامل العلوم الشرعية والعلوم الكونية في منهج التربية، فهذه العلوم جميعها مظهر للكلمات الإلهية، فإذا كانت العلوم الشرعية هي علوم المقاصد والغايات -كما يقول ابن خلدون- فإن العلوم الكونية أو العقلية هي علوم الوسائل والأدوات.
وقد نعى ابن تيمية على الفلاسفة والمذهبيين عدم فهمهم لوظيفة كل نوع من النوعين السابقين للعلوم، فقد أدى انشقاقهم وتعصبهم إلى إشاعة الجبرية والكسل، وركود العلم والإنتاج، وتفرق الناس في ميادين العقيدة والشريعة.