قواعد تحقيق المخطوطات عادة، فلم يعد ممكنا ترجيح النسخة الأم، أو الأدعى بالثقة. وينطبق هذا على النسخة المطبوعة من عجائب المخلوقات إلى حد كبير.
3- أكملنا في حالات ضرورية ما سقط من المخطوط، ووجدناه في أصوله.
وأثبتنا ذلك في مواضعه.
4- عرفنا باختصار بالمواد التي أوردها المؤلف، وبالمواقع، وأعلام الناس، مع أن هذه المواد منقولة من المصدرين المشار إليهما، ولما كان هذا يعني أن تتجاوز مهمتنا تحقيق الكتاب، إلى تحقيق أصوله، فإننا لم نقابل هذه الأصول على مصادرها الأولى، إلّا حينما وجدنا ذلك ضروريا لفهم النص. وأثبتنا كل ذلك في حواش مناسبة.
5- شرحنا الكثير من المصطلحات والألفاظ، بالرجوع إلى معاجم اللغة، وإلى الكتب الباحثة في علمي النبات والأحجار، وكتب الأدوية المفردة التي تكثر فيها تلك المصطلحات والألفاظ.
6- أثبتنا، لإتمام الفائدة، الأسماء العلمية لكل نبات، حتى يمكن للباحثين اليوم الإفادة مما احتواه هذا الكتاب من معرفة تراكمت عبر القرون، كما أثبتنا الأسماء الحديثة للأحجار، وتركيبها الجزئي للغرض نفسه.
7- لما كان معظم الكتاب غير مشكول، فقد عمدنا إلى ضبط معظم الأسماء والمصطلحات والألفاظ بالشكل حيثما أمكن ذلك، وذلك بالرجوع إلى المصادر التراثية الأخرى، أو بمقابلتها على طريقة تلفظها في الأصول الأعجمية التي أخذت منها.
وآخر دعوانا أن الحمد لله رب العالمين الدكتور عماد عبد السلام رؤوف