أصدر المركز الكتب التالية:

1- مجتمع الحجاز في العهد الأموي بين الآثار الأدبية والمصادر التاريخية. د. عبد الله بن سالم الخلف.

الكتاب مناقشة منهجية لروايات الأصفهاني وبعض المستشرقين وطه حسين وشوقي ضيف حول مجتمع الحجاز.

2- أخبار المدينة لابن زبالة لمحمد بن الحسن بن زبالة ت 199هـ. جمع وتوثيق ودراسة: صلاح عبد العزيز زين سلامة.

أقدم كتاب في تاريخ المدينة المنورة أصله مفقود، قام الباحث بجمع نصوصه من المصادر التي نقلت عنه.

3- المدينة المنورة في مائة مخطوط.

فهرس تحليلي لمائة مخطوط عن المدينة المنورة يعرض محتويات كل مخطوط وفهارس لخدمة الباحثين.

4- مخطوطات مكتبة بشير آغا بالمدينة المنورة، إعداد فريق من باحثي المركز.

فهرس وصفي لمخطوطات مكتبة بشير آغا التي بلغ عددها 1832 مخطوطاً.

5- المغانم المطابة في معالم طابة، تأليف مجد الدين محمد بن يعقوب الفيروزابادي ت 817?.

تحقيق: فريق من الباحثين.

أوسع المصادر التاريخية عن المدينة المنورة يتحدث عن فضائل المدينة ومعالمها وتاريخها وأعلامها والمسجد النبوي.

6- أثر الوقف الإسلامي في الحياة العلمية بالمدينة المنورة، إعداد: سحر بنت