وحملهم على الاستهانة بهذه الطائفة.
ولم يزل المترجم عاكفاً في داره، مقبلاً على شأنه، وحببت إليه العزلة فابتنى داراً بجهة القبة انتقل إليها وسكنها، ولم يقم ابن عمه في الأزهر طويلا بل توفي فجأة بعد نحو شهر من ولايته سنة 1317، فولى على الأزهر الشيخ سليم مطر البشري المالكي ثم استقال فأقيل يوم الأحد 2 ذي الحجة سنة1320، وأراد الخديو إعادة المترجم أو تولية الشيخ محمد بخيت فلم يوافق النظار وتولى الشيخ على بن محمد الببلاوى المالكي نقيب الأشراف على الأزهر ثم استقال يوم الثلاثاء 9 المحرم سنة 1323 فأقيل يوم السبت 12 منه، وصدر الأمر العالي يوم الأحد 13 منه بإقامة الشيخ عبد الرحمن الشربينى الشافعي ثم استقال فأقيل بأمر صدر يوم الأربعاء 16 ذي الحجة سنة 1324 وصدر أمر آخر في ذلك اليوم بإعادة المترجم شيخاً على الأزهر وهى توليته الثانية، ولكنه لم يمكث فيها طويلاً بسبب اختلال الأحوال، ونزوع المجاورين للفتن، وذهاب هيبة المشايخ، فاستقال سنة 1327 ورتب للشيخ الشربيني 15 ديناراً مصرياً في الشهر من الأوقاف الخيرية ليكمل مرتبه 25 ديناراً.
وأعيد إلى الأزهر الشيخ سليم البشري، ولزم المترجم داره التي بالقبة يزوره محبوه ويزورهم، ونال في توليته الأولى الوسام المجيدي من الدرجة الثانية، وجعل حينذاك عضواً من الأعضاء الدائمين بمجلس شورى القوانين ومن شرط هؤلاء الأعضاء انهم لا يعزلون، ولهذا بقى المترجم به بعد عزله من الأزهر والافتاء، حتى الغي المجلس واستعيض عنه بالجمعية التشريعية سنة 1332 فانفصل عنه بحكم الإلغاء.
وظل مقيماً في داره التي بالقبة في عزلة على الناس إلى آخر حياته، وقد أصيب بأمراض ووهن في القوى وضعف في النظر حتى توفي صباح يوم الأحد 24 شوال سنة 1343، ودفن في العصر بالمجاورين تغمده الله برحمته.