كان للجامعة الإسلامية قبل عام 1395هـ وفي عهد الملك سعود والملك فيصل رحمهما الله مجلس يسمى المجلس الاستشاري الأعلى (?) ، مهمته تقديم المشورة لمجلس الجامعة فيما يعرض عليه من الموضوعات التي تهمها وترفع من مستواها، وقد انتهى العمل بهذا المجلس مع صدور النظام الثالث والأخير للجامعة بتاريخ 29/9/1395هـ.

وقد نصت المادة الحادية عشرة من النظام الثالث والأخير على التسلسل الهرمي للسلطات في الجامعة وأن المجلس الأعلى هو أعلى هذه السلطات.

كما نصت المادة الثالثة عشرة على أنه يتم تأليف المجلس الأعلى على النحو التالي:

1- ... الرئيس الأعلى للجامعة، وله رئاسة المجلس.

2- ... رئيس الجامعة.

3- ... نائب رئيس الجامعة.

4- ... وكيل وزارة المعارف.

5- ... رئيس إدارات البحوث العلمية والإفتاء والدعوة والإرشاد.

6- ... الأمين العام لرابطة العالم الإسلامي.

7- ... الأمين العام للجامعة.

8- ... رئيس قسم الدراسات العليا.

9- ... عميد واحد يختاره مجلس الجامعة لمدة ثلاث سنوات غير قابلة للتجديد.

10- ثلاثة عشر عضواً من كبار العلماء وقادة الفكر الإسلامي، ومديري الجامعات، وأساتذتها أو ممن سبق لهم شغل هذه المناصب، ويراعى في اختيارهم تنوع الاختصاص على أن يكون من بينهم عشرة أعضاء من خارج المملكة، يمثلون مختلف الأقطار الإسلامية، ويصدر أمر ملكي بتعيينهم لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد بناء على اقتراح رئيس الجامعة.

أوّل تشكيل للمجلس الأعلى

تقدم القول إن من أعضاء المجلس الأعلى للجامعة من هو عضو بمنصبه الإداري، وكذلك نصت الفقرة العاشرة على تعيين ثلاثة عشر عضواً بأشخاصهم، وحدد النظام صفات من يستحق هذه العضوية. وتنفيذاً لمقتضيات هذه المادة من نظام الجامعة صدر الأمر الملكي رقم أ/233 في29/9/1395هـ بتعيين الأعضاء الثلاثة عشر وهم: