وقد تتالى إنشاء المكتبات الفرعية بالجامعة فكلما أنشئت كلية أو معهد أو دار أنشئت بها مكتبة تخدم منسوبيها وعلى اختلاف تخصصاتهم، وفيما يلي بيان لتلك المكتبات الفرعية:
1- مكتبة كلية الشريعة.
2- مكتبة كلية الدعوة وأصول الدين.
3- مكتبة كلية القرآن الكريم.
4- مكتبة عمادة البحث العملي.
5- مكتبة كلية الحديث الشريف.
6- مكتبة كلية اللغة العربية.
7- مكتبة المعهد الثانوي.
8- مكتبة المعهد المتوسط.
9- مكتبة معهد اللغة العربية.
10- مكتبة دار الحديث المكية.
11- مكتبة دار الحديث المدنية.
12- مكتبة المخطوطات والوثائق والمصغرات الفيلمية.
الأقسام الفنية في العمادة:
1- قسم التزويد.
2- قسم الفهرسة والتصنيف.
3- قسم الدوريات.
4- قسم تصوير وتجليد الكتب والمخطوطات.
5- قسم الإهداء والتبادل.
6- قسم الإعارة.
7- قسم الحاسب الآلي.
4- عمادة خدمة المجتمع (?)
أنشئت العمادة بالقرار الوزاري رقم 8/2 في 11/6/1416هـ المتوج بالموافقة السامية الكريمة بالتوجيه البرقي رقم 7/ب/9045 وتاريخ 27/6/1416هـ وتهدف العمادة إلى تقديم خدماتها الممكنة إلى جميع فئات المجتمع الداخلي والخارجي والخريجين، وذلك بما يعود على المجتمع بالنفع والفائدة الدينية والدنيوية.
إنجازات العمادة:
قامت عمادة خدمة المجتمع من خلال اللجان العاملة فيها بإنجازات عديدة - ولله الحمد والمنة - ومن أهمها:
الأول- لجنة الخدمات الداخلية: من مهام هذه اللجنة ما يلي:
1- المحاضرات والدروس والندوات.
2- زيارة الدوائر الحكومية والمؤسسات الأهلية.
3- المشاركة في إمامة المصلين في صلاة التراويح في بعض المساجد بالمدينة والقرى التابعة لها.
4- المشاركة في توعية الحجاج في موسم الحج في كل من المدينة النبوية ومكة والمشاعر المقدسة.
5- إعداد المطبوعات والمسابقات الثقافية.
الثاني- لجنة الخدمات الخارجية: