لقد كانت معتمدية المعارف بالمدينة من أوائل المعتمديات تأسيساً عام 1345هـ (?) وكان لها الإشراف على المدارس في داخل المدينة وعلى كتاتيبها ومدارس ينبع البحر. وقد ترأسها لفترة قصيرة القاضي الفاضل الشيخ أحمد كماخي ويساعده كل من الشيخ عثمان حافظ، والشيخ محمد عبد الجواد. ثم تولى أمرها عام 1346هـ الشيخ عبد القادر شلبي بأمر من مدير المعارف حينذاك الشيخ محمد كامل القصاب بالإضافة إلى إدارته للمدرسة الابتدائية الأميرية (الناصرية حالياً) . ثم أصبحت هذه المدرسة بمثابة معتمدية لمديرية المعارف في المدينة حتى عام 1360هـ حيث كانت المعتمدية أشبه ما تكون بوظيفة فخرية رغم أن لها مكافأة سنوية قدرها ثلاثمائة ريال.

واستمر الشيخ عبد القادر في مهمته حتى نهاية عام 1347هـ حيث استقال وجلس للتدريس في منزله إلى أن توفي (?) .

ثم أشرف عليها محمود الحمصي حتى عام 1350هـ ثم خلفه السيد أحمد صقر لمدة عشر سنوات وذلك حتى عام 1360هـ. وهو العام الذي استقلت فيه المعتمدية عن المدرسة الناصرية، وظلت مستقلة حتى أصبحت إدارة للتعليم عام 1374هـ.

(وفي 19/ 2/ 1361هـ صدرت الموافقة السامية رقم: (2463) بإسناد وظيفة معتمدية المعارف بالمدينة إلى الشيخ عثمان حافظ) .

وعندما عاد الشيخ محمد سعيد دفتردار إلى المدينة بعد حصوله على الشهادة العالية وإجازة التدريس من مصر، عينته مديرية المعارف بمكة معتمداً للمعارف بالمدينة عام 1362هـ بالدرجة الرابعة، وظلّ معتمداً حتى أواخر عام 1373هـ وهو أول من سمي بـ (معتمد المعارف بالمدينة المنورة) .

ثم تحولت من معتمدية إلى مديرية للتعليم، وكان أول مدير لها الأستاذ عبد العزيز بن محمد بن علي الربيع - يرحمه الله - إلى عام 1402هـ.