وقد توسع ابن أبي شيبه في باب مقتل الخليفة عثمان بن عفان رضي الله عنه أكثر من الأبواب أو الموضوعات الأخرى في الفتنة، فقد جاء بأكثر من 120 رواية في أحداث مقتله. وتبين في مجموعها تفاصيل ما دار بينه وبين الخارجين عليه ورجوعهم ثم عودتهم من الطريق ومطالبتهم له بخلع نفسه أو القصاص منه، وعزل بعض الولاة ورده ذلك ومحاجتهم فيه، وكيف اقتحموا عليه الدار, وأسماء من باشر أو أشار بقتله منهم، وروايات أخرى فيما يترتب على تلك الفتنة من هلاك العرب وعدم اجتماعهم يداً واحدة بعدها، وقد انفرد ابن أبي شيبة بها بين أصحاب المصنفات مثل الصنعاني، كما أنها تشبه تفاصيل ما أورده وزاد عليه كثيراً عمر بن شبة فيما بعد في الموضوع ذاته. وهناك روايات متفقة في السند والمتن عند الاثنين مع تفصيل أو إيجاز فيه عند أحدهما أحياناً فهل أخذ عمر بن شبة عن ابن أبي شيبة ولم يشر إليه؟ (1) والمعروف أن الإمام الطبري رجع لابن شبة في موضوع مقتل عثمان رضي الله عنه إلا أن هناك روايات كثيرة عندهما لم ينقلها ولهذا فإن الرجوع إليهما مباشرة سوف يسهم في دراسة أحداثه ونقد مروياته من جديد.

وعلى الرغم من أن المصنف أخر مرويات مقتل عثمان عن الحديث عن فتنة مقتل الحسين وابن الزبير إلا أن حديثه في كتاب الجمل وترتيبه بعده ظهر كأنه نتيجة واقعة لتلك الأحداث كما هي حقيقة بالفعل ودلالة على افتراق الأمة بعد تلك الفتنة.

حتى رد ابن سيرين في أحدها بقوله: "ما علمت أن علياً اتهم في قتل عثمان حتى بويع, اتهمه الناس". وقال علي نفسه فيما بعد في البصرة: "والله ما قتلته وما مالأت على قتله".

وكان عمار بن ياسر لا يجيز تكفير أهل الشام في صفين ويقول عنهم: بأنهم مفتونون جاروا عن الحق، ويصفهم في رواية أخرى بأنهم فسقوا ظلموا.