كانت الأدلة توجب على يوسف أن يتدخل لإنقاذ الأندلس من فوضى ملوك الطوائف، لكنه أراد أن يجمع كل الأدلة حتى لا يتهم فيما يقبل عليه من أمر. لكن الكتب والفتاوى والوفود تصل إليه تطلب منه أن يسرع إلى إنقاذ البلاد لا من الصليبيين وحدهم بل إنقاذها في ملوك الطوائف أيضاً، وكان مما ورد إلى أمير المسلمين فتوى من الإِمام الغزالي أبى بكر الطّرْطُوشي، فاستجاب يوسف، وجهز جيشاً وعبر به إلى الأندلس في أوائل سنة 483هـ.

اتجه يوسف إلى طليطلة حيث أصبحت عاصمة القشتاليين، لكنها كانت من المناعة بحيث تركها يوسف لوقت آخر، ومال إلى جنوب الأندلس صوب غرناطة، فاستسلم أميرها عبد الله بن بلقين، ولم يستطع الفونسو أن يأتي إليه لينفذ معاهدته الدفاعية معه عام 483 هـ وفرح الناس فرحاً عظيماً باستيلاء المرابطين عليها.

ثم إن القائد العظيم أرسل إلى المعتمد بن عباد لكي يتكلم معه في شأن البلاد، ولكن بن عباد لم يستجب لأمير المسلمين، فاجتمع بقواده، ورسم لهم خطة الإستيلاء على بلاد الأندلس، وتخليصها من أيدي الملوك والأمراء، ثم غادر البلاد صائماً في رمضان عام 483 هـ بعد أن طلب من قائده سير بن أبى بكر أن يتوجه إلى اشبيلية. واتجه هو إلى مدينة سبته في عدوة المغرب يرقب الأحوال وتأتيه العيون بالأخبار ويجهز الجيوش، ويرسل الإمدادات والتوجيهات مترقباً النتائج التي سينتهي إليها مصير الخارجين على تعاليم الإِسلام وقواعده.