مرت دار العلوم بمراحل كثيرة منذ نشأتها الأولى وحتى الآن، وكانت في الفترة الأولى من عهدها التي امتدت لنحو خمسة عشر عاما من [1289 هـ= 1872م] إلى [1304 هـ= 1887م] ليس لها منهج دراسي مطبوع ولا مدة دراسية محددة، فقد تخرج الطلاب في الأعوام الثلاثة الأولى بعد عام دراسي واحد درسوا خلاله التفسير، والفقه، والعلوم الأدبية، والتاريخ العام، والجغرافيا، والحساب، والهندسة، والكيمياء، والطبيعة، والخطوط العربية.
وفي عام [1292هـ= 1875م] تم طبع المناهج الدراسية، ووزعت على خمس سنوات دراسية، وكان عدد الطلاب في عام [1293هـ= 1876م] لا يزيد عن (16) طالبا، وأصبح عددهم (38) طالبا في عام [1294 هـ=1877م] موزعين على فرقتين دراسيتين.
وفي سنة [1297 هـ=1880م] اشترطت نظارة المعارف عقد الامتحان العملي لخريجي "دار العلوم" بالمدارس الابتدائية التمرينية قبل تعيينهم، وأضافت النظارة مادة اللغة الفرنسية إلى مواد الدراسة للفرقتين الثانية والثالثة.
وفي عام [1302هـ= 1885م] ضمّت "مدرسة الألسن" إلى "دار العلوم"، وأصبح متاحا للطلاب تعلم إحدى اللغتين: الفرنسية أو الإنجليزية، وكان الطلاب يتلقون دروس الكيمياء والطبيعة في مدرسة الطب مرة كل أسبوع.
المرحلة الثانية: الحركة والتغيير
وقد امتدت هذه الفترة لمدة ثماني سنوات من [1304 هـ= 1887م] إلى [1313هـ=1895م] وتميزت بالحركة المستمرة، ففي عام [1304 هـ=1887م] أصدر مجلس النظار قانونا يحدد العلوم التي تدرس بدار العلوم، وهي:
اللغة العربية (نحو وصرف)، ورسم الحروف (الإملاء) وعلوم الأدب، (بيان ومعاني وبديع)، والعروض والقوافي، والمنطق، والإنشاء، والفقه الحنفي، وتفسير القرآن، والحساب، والهندسة، والجبر، والتاريخ العام، والجغرافيا، والطبيعة، والكيمياء، والتاريخ الطبيعي، وخط الثلث، وخط النسخ، وخط الرقعة، وطرق تعليم الأطفال.