وفي يونيو 1991م بدأت يوغوسلافيا في الانقسام على نفسها بعد أن أعلنت كل من كرواتيا وسلوفينيا استقلالهما. وما لبث أن عقد استفتاء عام في فبراير ومارس من عام 1992م على الاستقلال في البوسنة والهرسك. وكان الغرض من هذا الاستفتاء أن يقرر السكان ما يريدون لمستقبل بلادهم. فقاطع معظم الصرب هذا الاستفتاء. بيد أن أغلبية سكان الجمهورية من كروات وبوسنيين صوتوا لصالح الاستقلال وعندها أعلنت البوسنة والهرسك الاستقلال.

عارض عدد كبير من الصرب الذين يعيشون في البوسنة والهرسك إعلان الاستقلال. وبدأ الصرب الذين كان يساندهم الجيش اليوغوسلافي القومي حربا ضد كل من لم يكن صربيا. واستولوا على ما يقرب من ثلثي أراضي البوسنة والهرسك خلال شهرين. وسعى الصرب إلى إخراج كل من لم يكن صربيا من الأراضي البوسنية التي ادعوها لأنفسهم. وأطلق على تلك السياسة التي انتهجوها سياسة التطهير العرقي.

وفي سنة 1995م، اتفق ممثلو البوسنة وصربيا وكرواتيا على خطة للسلام في دايتون بولاية أوهايو الأمريكية في شهر نوفمبر، ووقعت اتفاقية السلام بباريس في شهر ديسمبر من نفس العام. قسمت الاتفاقية البوسنة إلى قسمين: قسم يسيطر عليه اتحاد فيدرالي من المسلمين والكروات يمثل 51% من مساحة البلاد، وآخر يسيطر عليه الصرب البوسنيين يمثل 49% من مساحة البلاد. وبموجب الاتفاقية تمت الموافقة على وقف أعمال العنف، وعودة اللاجئين إلى ديارهم،. ووضع بموجب الاتفاقية 60,000 جندي من حلف شمال الأطلسي لمراقبة وقف إطلاق النار.

وفي 14 سبتمبر 1996م، أجريت أول انتخابات عامة في البوسنة منذ 1990م، فاز فيها حزب العمل الديمقراطي بقيادة علي عزت بيجوفيتش الذي أصبح رئيس الرئاسة الجماعية الثلاثية مع عضوين صربي وكرواتي. تخلى بيجوفيتش عن منصبه في عام 2000م، واكتفى بمنصب الرئيس الفخري حتى وفاته في عام 2003م.