توفي الشيخ محمد الطاهر بن عاشور عن أربع وتسعين سنة في ضاحية المرسى قرب تونس العاصمة، يوم الأحد (13) رجب (1394 هـ - 1973 م)، ووري الثرى رحمه الله بمقبرة الزلاج من مدينة تونس (?)، وبموته ودعت تونس أبرز شخصية علمية عرفتها في القرن الرابع عشر الهجري.