نشأ الشيخ في بيئة علمية؛ فجده لأبيه عالم وهو قاضي قضاة الحاضرة التونسية، وجده لأمه الشيخ محمد العزيز بو عتور عالم أيضاً، تولى الوزارة، والأسرة من أفضل أسر العاصمة، ومن ذوي اليسار لها مكتبات علمية كالمكتبة العاشورية وغيرها تشتمل على مخطوطات نادرة في الأدب والدين والقانون، في هذا الوسط العلمي والسياسي والإصلاحي شبّ مترجمنا فحفظ القرآن الكريم حفظًا متقنًا منذ صغر سنه، وحفظ المتون العلمية كسائر أبناء عصره من التلاميذ، ثم تعلم ما تيسر له من اللغة الفرنسية (?).
التحق الشيخ محمد الطاهر ابن عاشور بجامع الزيتونة في سنة (1303 هـ-1886 م) وثابر على تعليمه به حتى أحرز شهادة التطويع (?) سنة (1317 هـ-1899 م) وسمي عدلاً مبرزًا، وابتداءً من سنة (1900 م) إلى سنة (1932 م) أقبل على التدريس بجامع الزيتونة والمدرسة الصادقية كمدرس من الدرجة