النساء الوطنيات ونهبوا مخازن طعام الأهالي وخطفوا أولاد الوطنيين ليخدموهم كالعبيد وأن الوطنيين قتلوا كثيراً من الأسبان على سبيل الانتقام. وقامت البعثات التبشيرية بمحاولة صغيرة لتنصر الهنود وانضم راهب إلى جماعة الساخطين الذين عادوا إلى إسبانيا ليقدموا للملك والملكة تقريرا لا يشجع عن موارد هايتي الذائعة الصيت. وقد أصبح كولومبس نفسه الآن تاجرا للعبيد إذ أرسل حملات لأسر 1,500 وطني وأعطى للمستوطنين أربعمائة من هؤلاء وبعث إلى أسبانيا بخمسمائة مات منهم مائتان أثناء الرحلة وبيع الباقون في إشبيلية ولكنهم ماتوا بعد بضع سنوات بعد أن عجزوا عن تكييف أنفسهم مع المناخ البارد، ولعلهم لم يحتملوا همجية المدينة وترك كولومبس لأخيه تعليمات بنقل المستعمرة من إيزابلا إلى موقع أحسن في سانتو دومينجو (ثيودادتريخليو الآن) وسافر إلى إسبانيا (10 مارس سنة 1496) ووصل إلى قادس بعد رحلة تعسة استمرت ثلاثة وتسعين يوماً. وأهدى للملك والملكة الهنود وسبائك الذهب ولم تكن بالكثير، إلا أنها خففت من الشكوك التي ثارت لدى البلاط حول الحكمة من صب مزيد من الأموال في الأطلنطي ولم يشعر أمير البحر بالارتياح وهو فوق الأرض، فقد كان ملح البحر يجري في عروقه فالتمس تزويده بثماني سفن على الأقل للقيام بمحاولة أخرى بحثا عن الثروة، ووافق الملك والملكة وفي مايو عام 1498 سافر كولمبس مرة أخرى.

وقد اتجهت الرحلة الثالث نحو الجنوب الغربي إلى خط عرض عشرة ثم سارت غربا في هذا الخط المستقيم. وفي الحادي والثلاثين من يوليو شاهد البحارة جزيرة كبيرة أطلق عليها القائد التقي اسم "ترينيداد". وفي الحادي والثلاثين من أغسطس رأى قارة أمريكا الجنوبية وربما كان ذلك قبل أو بعد فسبوتشي. وبعد استكشاف خليج باريا أبحر-نحو الشمال الغربي ووصل إلى سانتو دو مينجو يوم 31 أغسطس فوجد أن المستعمرة الثالثة قد بقيت ولكن كان ربع الخمسمائة من الأسبان الذين تركهم عام 1496