(1480 - 1516)
عين فرديناند وإيزابلا القضاة الأوائل لمحكمة التفتيش في سبتمبر من عام 1480، لمنطقة إشبيلية. ففر كثيرون من الإشبيليين المتنصرين إلى الريف، وبحثوا عن الملجأ الأمين عند السادة الإقطاعيين، وكانت عند أولئك رغبة في حمايتهم، ولكن قضاة التفتيش هددوا البارونات بالحرمان من غفران الكنيسة ومصادرة الأموال، فما كان منهم إلا أن سلموا اللاجئين، أما في المدينة نفسها فقد دبر بعض المتنصرين المقاومة المسلحة ولكن التدبير أفشى، وقبض على الضالعين في هذا التدبير وسرعان ما امتلأت السجون. وتبعت ذلك محاكمات متعجلة غضوب، واحتفل بأول محرقة أثمرتها محكمة التفتيش الإسبانية في السادس من فبراير لعام 1481 بإحراق ستة من الرجال والنساء. وما أن جاء الرابع من نوفمبر للعام نفسه، حتى كان قد أحرق ثمانية وتسعون ومائتا شخص وسجن مدى الحياة تسعة وسبعون شخصاً.
وفي عام 1483 عين البابا أسكستوس الرابع بترشيح وطلب من فرديناند وإيزابلا، راهباً دومينيكيا، هو توماس ده تور كيمادا، مفتشاً عاماً لإسبانيا بأسرها، وكان مؤمناً متعصباً لا يتطرق الفساد إليه، يحتقر الترف ويعمل بحماسة شديدة ويحتفل بفرصته السانحة ليخدم المسيح بتصيد الهراطقة وكان يؤنب قضاة التفتيش على التساهل، ونقض كثيراً من أحكام البراءة وطالب الربانيين في طليطلة مهدداً إياهم بالموت أن يبلغوا عن الذين ارتدوا إلى اليهودية. وفزع البابا إسكندر السادس من قسوته، وهو الذي سبق أن مدحه على أخلاقه لعمله، فأمره (1494) أن يشرك في سلطته مفتشين عامين آخرين. وتجاوز توركيمادا هذين الزميلين؛ واحتفظ برآسة حازمة عليهما. وجعل محكمة التفتيش حكومة في داخل الحكومة تضارع سلطة الملوك. وأحرقت محكمة التفتيش في سوداد ريال بدافع منه في ستين (1483 - 84) اثنين وخمسين شخصاً وصادرت أموال مائتين وعشرين شريداً