وبدت القوتان البحريتان المتواجهتان متكافئتين: فالقوات البحرية الإنجليزية قوامها 14 سفينة حربية وسفينة بصاريين، والقوات البحرية الفرنسية قوامها 30 سفينة حربية وأربع فرقاطات· لكن البحارة الفرنسيين كان الحنين إلى العودة إلى بلادهم قد ازداد ولم يكونوا متدربين بما فيه الكفاية، أما البحارة البريطانيون فقد كان البحر هو وطنهم الثاني ألفهم وألفوه، والآن فإن تنظيمهم (البريطانيين) الأكثر تفوقا وبراعتهم البحرية وشجاعتهم سادت طوال النهار والليل لأن المعركة الدامية استمرت حتى فجر الأول من أغسطس·

ففي الساعة العاشرة من يوم 13 يوليو انفجرت، سفينة القيادة (التي بها بروي) التي بها 120 بندقية، وقتل كل من كان على متنها تقريبا بمن فيهم اللواء بحري نفسه، وكان يبلغ من العمر خمسة وأربعين عاما· ولم تستطع الهروب سوى سفينتين فرنسيتين، وبلغت خسائر الفرنسيين ما يزيد على 1750 قتيلاً و1500 جريح، أما خسائر البريطانيين فكانت 218 قتيلاً و672 جريحاً (بمن فيهم نيلسون) · وهذه المعركة (أبوقير) بالإضافة إلى معركة الطرف الأغر Trafalgar (1805) هما آخر محاولتين قامت بهما فرنسا النابليونية لتحدي السيادة الإنجليزية على البحار·

وعندما وصلت أخبار هذه النكسة الكاسحة إلى نابليون في القاهرة أيقن أن فتحه لمصر غدا بلا معنى· فالمغامرون المرافقون له قد أحيط بهم الآن برا وبحرا وما من سبيل لوصول العون الفرنسي إليهم، وأنهم سرعان ما سيصبحون تحت رحمة أهل البلاد المعادين، والبيئة غير المواتية ومن الأمور التي تذكر لهذا القائد الشاب، أنه وجد الوقت في ظروفه العصيبة هذه ليعزي أرملة اللواء البحري المتوفى في مصابها:

"القاهرة، 19 أغسطس 1796

لقد قتل زوجك بطلقة مدفع بينما كان يحارب على سطح سفينته، لقد مات بشرف كما يتمنى أن يموت كل جندي· (ولم يعانِ زوجك حال وفاته) ·