وفي يوليو سنة 1799 نظم المعهد العلمي المصري من علماء مصر وعلماء الحملة، وكان العلماء هم الذين أعدوا الأربعة والعشرين مجلداً الضخام التي مولتها ونشرتها الحكومة الفرنسية بعنوان وصف مصر (1809 - 1828) عز وجلescription de l'صلى الله عليه وسلمgypte وأحد هؤلاء العلماء لا نعرف إلا أن اسمه بوشار رضي الله عنهouchard وجد في سنة 1799 في مدينة تبعد عن الإسكندرية ثلاثين ميلا حجر رشيد Rosetta Stone عليه نقوش بلغتين وثلاثة خطوط (الهيروغليفية والديموطيقية واليونانية hieroglyphic, demotic, Greek) وقد مكنت هذه الكتابات توما يونج Thomas Young (1814) وجان - فرنسوا شامبليون Champollion (1821) من وضع أسس منهج ترجمة النصوص الهيروغليفية ففتحوا بذلك أمام أوربا "الحديثة" أبواب حضارة مصر القديمة المركبة والناضجة بشكل يدعو إلى الدهشة· وكان هذا هو النتيجة الرئيسية لحملة نابليون على مصر، أو النتيجة الوحيدة المهمة·

لكن فتح مصر كان - لفترة - مدعاة لفخره، كذلك كان مدعاة لمباهاته إدخال نظم الإدارة فيها· لقد قال لمدام دى ريموسا في وقت لاحق وهو يستدعي ذكرياته:

"لقد كانت الفترة التي قضيتها في مصر هي أكثر الفترات بهجة في حياتي ··· لقد وجدت نفسي في مصر متحررا من قيود الحضارة وإزعاجها· لقد رحت أحلم بأمور كثيرة ورأيت كيف أن كل ما حلمت به يمكن أن يتحقق·

لقد خلقت دينا (المقصود ابتدعت دينا) وتصورت نفسي في الطريق إلى آسيا راكبا فيلا وعلى رأسي عمامة وفي يدي قرآن جديد كان علي أن أصيغه على وفق أفكاري···· وكان عليّ أن أهاجم القوات الإنجليزية في الهند وتجديد علاقاتي بأوربا القديمة بفتحها··· لكن القدر كان ضد أحلامي" ·

وكان أول سهام القدر ضده هو معلومات نقلها إليه أندوش جونو صلى الله عليه وسلمndoche Junot الضابط المعاون مؤداها أن جوزيفين اتخذت لها في باريس عشيقا· لكن الحالم الكبير (نابليون) بكل تألقه العقلي أهمل أن يضع في اعتباره أنه من الصعب على نبات استوائي كجوزيفين أن تظل لشهور عديدة دون أن تمتع مفاتنها بشكل حسي· لقد ظل نابليون لعدة أيام حزينا ساخطا، وكتب في 26 يوليو سنة 1798 خطابا يظهر فيه الاكتئاب والقنوط إلى أخيه جوزيف: