الكتاب المقدس على أنها كلمة الله، وأنه قبل سفري دانيال ورؤيا يوحنا على أنهما الحقيقة بحذافيرها. لقد كان أعظم علماء عصره صوفيا نسخ في شغف فقرات طويلة من يعقوب بومي، وطلب إلى لوك أن يناقش معه معنى "الحصان الأبيض" الوارد في سفر الرؤيا. وقد شجع صديقه جون كريج على كتابه "الأسس الرياضية للاهوت المسيحي" (1699) الذي حاول أن يثبت بالرياضة تاريخ مجيء المسيح الثاني، والنسبة بين أقصى ما يمكن بلوغه من السعادة الأرضية وسعادة المؤمن التي يجزي بها في الفردوس (48). وقد كتب تعليقاً على سفر الرؤيا، وزعم أن المسيح الكاذب المتنبأ به في السفر هو بابا روما. لقد كان ذهن نيوتن مزيجاً جمع بين ميكانيكا جاليليو وقوانين كبلر وبين لاهوت بومي. ولن يطالعنا الزمان بمثله عن قريب.
لقد كان بمعنى آخر مزيجاً شاذاً، رجلاً مستغرقاً بشكل واضح في النظرية الرياضية والصوفية، وهو مع ذلك ذو مقدرة عملية وفطرة سليمة اختارته جامعة كمبردج عام 1687 ليذهب مع آخرين للاحتجاج لدى جيمس الثاني على محاولة هذا الملك أن يفرض على الجامعة أن تمنح راهباً بندكتياً درجة جامعية دون أن يحلف الإيمان العادية التي يستحيل على الكاثوليكية أن يقبلها. وفشلت البعثة في ثني الملك عن قراره، ولكن لا بد أن الجامعة رضيت عن رئاسة نيوتن لها، لأنه اختير عضواً ممثلاً لكمبردج في برلمان 1689. وظل عضواً حتى حل البرلمان عام 1690، ثم أعيد انتخابه عام 1701، ولكنه لم يشارك في السياسة بدور مذكور.
وتخللت حياته العملية عام 1692 سنتان من المرض الجسمي والعقلي. فقد كتب إلى بيبيس ولوك رسائل يشكو فيها من الأرق والسوداء، ويعرب على مخاوف الاضطهاد، ويتحسر على فقده "تماسك ذهنه القديم (47) ". وفي 16 سبتمبر 1693 كتب إلى لوك يقول:
سيدي: إن ظني أنك حاولت توريطي في علاقات نسائية وبطرق