أوجزبورج لم يمكن فرضه فرضاً دقيقاً ولا سريعاً، فقد بقي الكثير من البروتستنت في مناطق كاثوليكية، والكثير من الكاثوليك في بلاد بروتستنتية. وقد أتيح للكاثوليك ميزتان هما التقاليد والوحدة، أما البروتستنت فقد تمتعوا بقسط أوفر من حرية العقيدة، وانقسموا إلى لوثريين وكلفنيين وقائلين بتجديد العماد وموحدين، وحتى في صفوف اللوثريين نشبت حرب عقائدية بين أتباع ملانكتون المتحرر وخصومه. وفي 1577 صاغ اللوثريين عقيدتهم في "كتاب الوفاق" وبعد هذا التاريخ طرد الكلفنيون من الدويلات الألمانية اللوثرية. ولكن البالاتينات الناخب، فردريك الثالث، رعى الكلفنية وجعل جامعة هايدلبرج معهداً لاهوتياً للشباب الكلفني. وهناك، في 1563 وضع اللاهوتيون الكلفنيون كتب "التعليم المسيحي" في مفهوم هايدلبرج، وقد صدم الكاثوليك واللوثريين جميعاً برفضه عقدة الحلول الحقيقي للمسيح في خمر العشاء الرباني وخبزه. وسمح للكاثوليك بالعيش في البالاتينات شريطة أن يقصروا عبادتهم على بيوتهم، أما الموحدون فقد طمعوا بشدة. وفي 1570 نازع رجلان في ربوبية المسيح، أو ضيق حدودها، فأعدما أثر إصرار الأستاذة الكلفنيين في جامعة هايدلبرج على إعدامهما. على أن الأمير الناخب لويس ابن فردريك، آثر المذهب اللوثري وفرضه، ولكن إخاء يوحنا كازيمير، أثناء وصايته (1583 - 1592)، فضل الكلفنية وفرضها، ثم وطد الأمير الناخب فردريك الرابع (1592 - 1610) تلك السياسة. وتزوج ابنه فردريك الخامس (1610 - 1623) اليزابيت ستيوارت (ابنة جيمس الأول ملك إنجلترا). وطالب بعرش بوهيميا، وعجل بنشوب حرب الثلاثين.

وكان الصراع بين اللوثريين والكلفنيين لا يقل مرارة عنه بين البروتستنت والكاثوليك، وفد أضر بتعاون البروتستنت خلال الحرب لأن تعاقب النصر والهزيمة على الغريقين كليهما، تارة هذا وتارة ذاك، ومن ثم اضطهاد المنتصر