عند هذه الآية قرر أن يقوم بدراسة متحررة للكتاب المقدس، فقرر الاستقالة من عمله، وفي 31 مايو 1960م أشهر إسلامه وغيَّرَ اسمه من إبراهيم خليل فيلبس إلى إبراهيم خليل أحمد، كما غيَّرَ أسماء أولاده على النحو التالي: إسحق إلى أسامة، وصموئيل إلى جمال، وماجدة إلى نجوى، وقد فارقَتْه زوجتُه بعد أن استنكرت عليه وعلى أولاده الإسلام ثم عادت ورجعت إليه فيما بعد.

وقام إبراهيم خليل بعد إسلامه بإلقاء عدد من المحاضرات في علم «الأديان المقارن» بالمساجد في مدن الإسكندرية والمحلة الكبرى وأسيوط والمنيا وسوهاج وأسوان وفي بعض كليات الجامعات المصرية، فاعتنق كثير من الشباب النصراني الإسلام عندما استبانت له الحقيقة.

* وفي عام 1975م طُلِب منه تقديم محاضرة بكلية أسيوط، فتكلم عن المسيح - عليه السلام - وعن الرسول - صلى الله عليه وآله وسلم - من خلال الأناجيل والتوراة، وكان للمحاضرة صدى واسع انتهى بإعلان 17 من الشبان أبناء الجامعة إسلامهم.

* التقي ـ مع الدكتور جميل غازي - رحمه الله - ـ بـ 13 قسيساً عام 1401هـ بالسودان في مناظرة مفتوحة انتهت باعتناقهم الإسلام جميعاً وهؤلاء كانوا سبب خير وهداية لغرب السودان حيث دخل