السنة وفي سنة 872 تولى بواسطة أستاذه علم الدين البلقينى التدريس في الشيخونية مكان والده في سنة (891 هـ - 1486 م) قرر التدريس في البيبرسية يقول بن إياس "قرر شيخنا السيوطي في مشيخة البيبرسية عوضا عن الجلال البكري بحكم وفاته وكان الساعي له السيد الخليفة عبد العزيز" ويبدو أن صلته بالخليفة العباسي المتوكل على الله عبد العزيز كانت صلة طيبة إذا أن السيوطي أوحى إليه سنة في 902 هـ = 1466 م "أن يجعله قاضيًا كبيرًا على القضاة يولى منهم من يشاء ويعزل منهم من يشاء مطلقا في سائر ممالك الإسلام وهذه الوظيفة لم ينلها قط القاضي تاج الدين بن بنت الأعز في دولة بني أيوب".

علم القضاة بالأمر "فثاروا واستخفوا عقل الخليفة في ذلك. وقالوا ليس للخليفة مع وجود السلطان حل ولا ربط ولا ولاية ولا عزل ولكن الخليفة استخف السلطان لكونه صغيرًا" وعلم الخليفة بثورة القضاء وخشى مغبة الأمر فتراجع وأعلن أن السيوطي خدعه -ثم رجع عن عهده -وبعث من يأخذ العهد الذي كتبه للشيخ.

يقول ابن إياس "وكادت أن تكون فتنة بسبب ذلك ووقعت أمور يطول شرحها. ثم سكن الحال بعد مدة".

وفي سنة 906 قامت ضجة أخرى ضد السيوطي إذ أنه تلاعب بأموال الصوفية الحانفاه البيبرسية -وقد رمى المؤرخون السيوطي بالطمع -فثاروا