بعد رحلة حافلة بالعطاء العلمي - تأليفاً وتدريساً ووعظاً وتذكيراً وعبادةً - وافاه الأجل بدمشق في شهر رمضان سنة (795 هـ)، ودفن بمقبرة الباب الصغير.
ومن عجيب ما وقع له قبل وفاته ما ذكره ابن ناصر الدين الدمشقي بقوله: (حدَّثني من حَفَرَ لحد ابنِ رجب أنَّ الشيخَ زين الدِّين ابنِ رجب جاءَه قبل أن يموت بأيامٍ فقال له: احفِر لي ها هنا لَحْدَاً، وأشار إلى البقعة التي دُفِنَ فيها، قال: فحفرتُ له، فلمَّا فَرَغَ نزل في القبرِ واضطَجَع فيه فأعجبَه، قال: هذا جيِّدٌ، ثم خرج، وقال: فو الله ما شعرتُ بعد أيامٍ إلا وقد أُتِيَ به ميِّتاً محمولاً في نعشِه، فوضعتُه في ذلك اللَّحد).
فرحم الله ابن رجب رحمة واسعة، وجمعنا به في جنات النعيم.