يتألف شرح علل الترمذي من قسمين رئيسين أطلقنا على كل قسم اصطلاح "باب". ولاحظنا أن لكل قسم من هذين القسمين سمات منهجية خاصة، كما أن للكتاب كله سمات منهجية عامة. وبهذا يكون مبحث المنهج في ثلاثة مطالب:
المطلب الأول: منهج ابن رجب في الباب الأول "شرح علل الترمذي".
المطلب الثاني: منهج ابن رجب في الباب الثاني "القواعد والفوائد".
المطلب الثالث: ملاحظات عامة على منهج ابن رجب في الكتاب. ***
منهج ابن رجب في الباب الأول:
تناول ابن رجب كلام الترمذي في "العلل الصغير" بالشرح والتوضيح، والاستدراك والنقد، والتكميل والتمثيل. وقد استقرأت منهج ابن رجب في هذا القسم فوجدت ما يلي: