تأثر الإمامُ محمد بوالده، فكان ذا معرفةٍ بعلوم اللغة والحديث والفقه، وظهرَ ذلك جليًّا في مؤلفاته التي تركها، ومنها:

1 - "شرح مصابيح السنة"، وسيأتي الحديث عنه.

2 - "شرح وقاية الرواية في مسائل الهداية للإمام برهان الشريعة" (?)، وهو شرحٌ لطيفٌ، وقد كان والدُه الإمام عبد اللطيف قد شرحه أولاً، لكنه بقي مسودةً، قال حاجي خليفة: شَرَحَه عبدُ اللطيف بن عبد العزيز المعروف بابن ملك، ذكر في أوله أنه شرحه حين قرأه ابنُه جعفر، لكنه بقي في المسودة، فبيَّضه ابنُه محمد وقال: كان أبي قد ألَّف شرحاً للوقاية، لكن لما ضاعت النسخةُ التي بيَّضها قبل الانتشار خِفْتُ ضياعَ الئصنيف بالكلِّية، فكتبت من مسودتها مع بعض الإلحاقات شرحاً آخر، انتهى.

قال حاجي: ولهذا نرى في زماننا شرحين للوقاية منسوبين إلى ابن