أبو هريرة رضي الله تعالى عنه مناقبه كثيرة، ومنهجه في العلم يعد قدوة، فقد كان منقطعاً لطلب العلم والحفظ عن رسول الله صلى الله عليه وسلم، إذاً: أبو هريرة لا يُطعن في شخصيته، ولا يُشك في أحاديثه، وقد ردها طائفة من أهل البدع، وطعنوا في كل ما روى، وشكك فيه بعض الناس، وقال بعضهم: إذا وافقت روايته القياس أخذنا بها، وإذا لم توافق قدمنا القياس عليها، وكل هذا انتقاص له، وطعن في مرجعية إسلامية كبرى.
وبعضهم يأخذ عليه قوله: (إن عندي جرابين من أحاديث رسول الله صلى الله عليه وسلم: جراب بثثته لكم، وجراب لو بثثته لقطع هذا -وأشار إلى حلقه-) ، فقالوا: لماذا يخفيه؟ والجواب أنه لم يبثه على جميع الناس، ولكن لم يعدم أن يذكره لبعض الآحاد والأفراد وإلا لما وصلنا، وفي هذا الجراب الذي أمسكه أحاديث الفتن، وكان يمشي في السوق ويقول: (اللهم! إني أعوذ بك من سنة الستين، وإمارة الصبيان) ، وكان يذكر أشياء ويدع أخرى، وله سلف، فأمير المؤمنين علي رضي الله تعالى عنه كان يقول: (حدثوا الناس بما يعقلون، أتريدون أن يكذب الله ورسوله؟!) ، ويقول الذهبي: لو أن أبا هريرة حدثهم بأن البيت يهدم أو يحرق، سيقولون: من يصدق أبا هريرة في هذا؟! ومن كان يخطر في باله أن الكعبة ستهاجم؟ فكان يحفظ أشياء عن رسول الله صلى الله عليه وسلم ولا يحدث بها؛ لأن عقول الناس آنذاك لا تتحملها.