عاد النزاع على عرش السلطنة من جديد داخل البيت السلجوقي مرة أخرى بين بركيارق وأخويه محمد وسنجر، وقد استمر هذا النزاع خمس سنوات من عام 492هـ حتى 497هـ، وليس من المهم أن نذكر أن محمداً استطاع أن يدخل بغداد وأن يقيم الخطبة لنفسه فيها سنة 492هـ بموافقة الخليفة المستظهر العباسي الذي خلع عليه الخلع والهدايا، وكان بركيارق في هذه الأثناء مريضاً (?)، ثم استمرت الحرب مع محمد طوال عهد بركيارق الذي تمكن من إعادة الخطبة لنفسه في بغداد، ومن المهم أن نذكر أن الخليفة هو الذي كان يسمح بإعادة الخطبة لكل من دخل بغداد من هذين السلطانين المتنازعين, وهذا يدلنا على مقدار ما وصلت إليه الخلافة من ضعف, ويلاحظ أن سنجر بن ملكشاه كان قد انضم إلى أخيه محمد في صراعه مع بركيارق، ويرجع السبب في ذلك لكونهما كانا ولدين لأم واحدة (?)، وقد انتهت الحرب بين محمد وبركيارق سنة 497هـ، إذ عقد الصلح بين الطرفين في هذه السنة، يقول السيوطي: إن الحروب لما تطاولت بينهما وعم الفساد وصارت الأموال منهوبة، والدماء مسفوكة، والبلاد مخربة، والسلطنة مطموعاً فيها، وأصبح الملوك مقهورين بعد أن كانوا قادرين .. دخل العقلاء بينهما في الصلح وكتبت العهود والأيمان والمواثيق (?). ولقد تقرر أن يكون للصلح قواعد نوردها فيما يلي:
- ألا يعترض بركيارق أخاه محمد في الطبل (?).
- ألا يذكر اسم بركيارق بجانب اسم محمد في البلاد التي صارت له.
- أن يكون الاتصال بينهما عن طريق الوزراء.
- ألا يعترض أحد العسكرين الآخر في داخل حدود كل منهما.
- أن يمتد نصيب محمد من نهر اسبيندروذ (?)، إلى باب الأبواب (?)، وديار بكر والجزيرة والموصل والشام، ويكون له في العراق البلاد التي كانت تحت حكم سيف الدولة