عامين، ثم عين بعد ذلك والياً لإشبيلية مكان الأمير أبى بكر بن علي بن يوسف، فلبث واليها حتى وفاته في سنة 520 هـ (?).

ولم يمكث علي بن يوسف هذه المرة طويلا بالأندلس، إذ وافته أنباء مزعجة من مراكش، عن قيام محمد بن تومَرت المهدي ببلاد السوس الأقصى، واستفحال أمره (?).