لما حج الشيخ رحمه الله في آخر عمره جاء للسعي يوم الحج الأكبر سعى شوطاً واحداً على قدميه، ثم أخذت له العربة، فحصل معه ضيق في التنفس من ذلك الشوط الذي طافه على قدميه، ثم تُوفي في اليوم السابع عشر من ذي الحجة، في عام: (1393) للهجرة ضحى يوم الخميس، يقول غاسله الشيخ أحمد بن أحمد الشنقيطي وغسلته في بيته في مكة، بشارع المنصور، وصلى عليه الشيخ عبد العزيز بن عبد الله بن باز في الحرم المكي مع من حضر من المسلمين ودفن بمقبرة المعلاة بريع الحجون بـ مكة، حرسها الله تعالى، وقد رثاه عدد من العلماء من طلابه ومحبيه، منهم ابن عمه الشيخ أحمد بن أحمد الجكني الشنقيطي، الذي يقول:
أبكي الأمين وليتني من علمه ما عشت فزت بنيل كل بيان
أبكي الأمين محمداً وإنني أبكي الأمين لشرعة القرآن
من ذا يلومك إن بكيت مفوهاً سمح الخليقة من بني الإنسان
إلى آخر الآبيات، وكذلك الشيخ محمد بن عبد الله بن أحمد المزيدي الجكني الشنقيطي رثاه بقصيدة مطلعها:
نعى الأمين نعاة قد نعوا علما بحراً خضماً بموج العلم ملتطما
أبكته أجيال علم حين عد له ريع الحجون مصيراً بعدما ختما
ما كان يرغب في السكنى بذي بلد غير المدينة طابت مسكن الكرما
فبنى بها وببيت الله دار سكناً فالخير فيما أراد الله منحتما
ثم قال:
من للنوازل مثل الشيخ إن نزلت أو للحوادث إن أدمت بنا كلْما
أضواؤه كشفت أبعاد مطلبه والدفع يدفع ما في الوحي قد وهما
البيت هذا فيه اسم كتابين وهما أضواء البيان، ودافع الإيهام والاضطراب.
إن النصوص لها جرح به أثر قد كان يلئمه بالعلم فالتأما
معروفه عرفت منه الأرامل ما يغني عن الذكر والمسكين والهما
عز العلوم وطلاب العلوم ومن يعرض سؤال علوم أو أصولهما
إلى آخر تلك القصيدة، ورثاه عدد من أهل العلم، منهم أيضاً الشيخ محمد بن مدين الشنقيطي بقوله:
الله أكبر مات العلم والورع يا ليت ما قد مضى من ذاك يرتجع
يبكي الكتاب كتاب الله غيبته كذا المدارس والآداب والجمع
مفسر الذكر الحكيم وما من الحديث إلى المختار يرتفع
أخلاقه الشهد ممزوجاً بماء صفا وما يغير طبعاً زانه طبع
فهو الإمام الذي من غيره تبع له وهل يستوي المتبوع والتبع
إذا ما بدا في الدرس تحسب فيضه على الناس صوب المدجنات السحائب
كما قال في قصيدة أخرى، محمد الأمين محمد المختار رحمه الله.