موقف الخميني من الخلافة الراشدة: يرى الخميني أن أبا بكر وعمر وعثمان ليس لهم حق، وأنهم اغتصبوا الخلافة، وأنهم تمردوا على أمر الله، وخانوا رسالة الله، ورسول الله صلى الله عليه وسلم، واغتصبوا الخلافة من علي بن أبي طالب، وأن علياً هو الحاكم في المعنى لكنه في تلك الفترة كان منزوع الصلاحية كما يقول، فيقول: توقف أمير المؤمنين لأنه نزعت منه الصلاحية في فترة حكم هؤلاء حكم الجبت والطاغوت وحكم عثمان، وإلا فإنه الحاكم، يقصد بذلك علياً رضي الله عنه، الذي يقول: [[والله الذي لا إله إلا هو لا يأتيني أحد يعظمني على أبي بكر وعمر إلا جلدته ثمانين جلدة حد المفتري]].
دخل علي على عمر يوم طعن، فقال: [[واحبيباه! السلام عليك ورحمة الله وبركاته يا أمير المؤمنين! والله لطالما سمعت رسول الله صلى الله عليه وسلم يقول: جئت أنا وأبو بكر وعمر ودخلت أنا وأبو بكر وعمر، وخرجت أنا وأبو بكر وعمر، فأسأل الله أن يحشرك مع صاحبيك]].
علي رضي الله عنه الذي كان يثني الثناء العطر على أبي بكر، وفي مسند أحمد في أول الأحاديث بأسانيد صحيحة يقول علي رضي الله عنه وأرضاه: [[كان الرجل من أصحاب الرسول صلى الله عليه وسلم إذا حدثني عن الرسول صلى الله عليه وسلم استحلفته، فإذا حلف صدقته، وحدثني أبو بكر وصدق أبو بكر -ما استحلف أبا بكر - ثم تلا الحديث الذي فيه كفارة الذنب وهو الركعتين بعد الوضوء]] وهو حديث صحيح صححه العلماء، فيكفي من علي فخراً وشرفاً هذه التزكية لـ أبي بكر رضي الله عنهم جميعاً.
إذاً يرى أن الخلافة التي بعد النبوة أنها خلافة ظالمة فاجرة آثمة وأنها ليست شرعية، وليس لهم صلاحية في تولي الخلافة.