الشيخ محمد شاكر -رحمه الله- قاضياً لقضاة السودان، ثم التحق بمعهد الإسكندرية (الذي أنشأه والده) بعد العودة من السودان، وأكمل دراسته بالأزهر الشريف حتى حصل على العالمية، ثم التحق بالتدريس لعدة أشهر ثم التحق بالقضاء الشرعي.

ولكن توليه منصب القضاء لم يمنعه من القراءة والبحث الدقيق في كتب الحديث والتفاسير، فوضع نصب عينيه أن يحقق كتاب المسند للإمام أحمد بن حنبل فبدأ في ذلك، قبل مولدي، وعلى ما علمته منه بدأ ذلك سنة 1911م وهو في بدء شبابه واستمر يقرأ ويراجع ويعلق في مسودات حتى سنة 1943م حينما أخرج الجزء الأول من كتاب المسند بعد 32 سنة من القراءة والتحقيق وهو جهد لم يدانيه فيه أحد حتى الآن بهذه الدقة في التحقيق وتخريج الأحاديث النبوية، وكان يقوم بهذا الجهد بجانب عمله في القضاء الذي بدأه بالعمل موظفاً قضائياً ثم قاضياً ثم نائباً لرئيس محكمة ثم رئيساً لمحكمة حتى عين عضواً بالمحكمة العليا الشرعية إلى أن أحيل إلى المعاش في يناير 1952م.

وكان في عمله في القضاء يصدر أحكامه بعد مراجعة دقيقة بالرجوع إلى كتب الفقه والحديث والسنة وبالاجتهاد، مما أفضى به إلى مخالفة القدماء والمحدثين في أمور شتى وأيد رأيه بالأدلة البينة وذلك كان ديدنه في تحقيق الكتب كذلك.

هذا وقد صدرت في حياته كثير من الكتب أهمها 16 جزءاً من كتاب المسند للإمام أحمد بن حنبل وخمسة أجزاء من كتاب عمدة التفسير (مختصر تفسير ابن كثير) وجزءان من كتاب سنن الترمذي والجزء الأول من صحيح ابن حبان والرسالة للإمام الشافعي وجماع العلم للشافعي والشعر والشعراء لابن قتيبة (جزءان) والمحلى لابن حزم ولباب الآداب للأمير أسامة بن منقذ وشارك شقيقه الأستاذ الأديب محمود محمد شاكر (أطال الله بقاءه) في كتاب تفسير الطبري كما شارك ابن