توفي رحمه الله ضحى يوم الخميس 17/12/1393?.وكانت وفاته بمكة المكرمة، مرجعه من الحجّ ودفن في مقبرة المعلاة، وصلى عليه سماحة رئيس الجامعة الإسلامية فضيلة الشيخ عبد العزيز بن عبد الله بن باز في الحرم المكي، مع من حضر من المسلمين بعد صلاة الظهر من ذلك اليوم.
وفي ليلة الأحد 20/12 أقيمت عليه صلاة الغائب بالمسجد النبويّ. وصلى عليه صاحب الفضيلة الشيخ عبد العزيز بن صالح آل صالح - إمام وخطيب المسجد النبوي، ورئيس الدائرة الشرعية بالمدينة ومحاكم منطقة المدينة - بعد صلاة العشاء مباشرة، وصلى عليه من حضر من الحجاج ما لا يحصى عدداً1. وقد حزن عليه الناس حزنًا شديدً، ورثاه عدد كبير من الشعراء بأبيات كثيرة، أذكر مقتطفات منها:
فمن ذلك ما رثاه به تلميذه وابن عمه لشيخ أحمد بن أحمد الجكني الشنقيطي في قصيدة طويلة، منها2:
أبكي الأمين وليتني من علمه
ما عشت فزت بنيل كلّ بيان
أبكي الأمين محمدًا وإنني
أبكي الأمين لشرعة القرآن