اعتمدت في تحقيق تفسير ابن ابي حاتم نسخه وحيده من عدة أجزاء نسخه صورتها من معهد البحوث العلمية بجامعة أم القرى ونسخة مكررة منها وأوضح قليلا في كثير من صفحاتها من الأخ الأستاذ/ محمد بن عبد الله الحوثي جزاه الله خيرا.
1- جزء يبدأ من سورة الأنفال الى سورة الرعد عدد الأوراق 260 ورقة في كل صفحة 23 سطر وخطها مغربي وأصلها بالمكتبة المحمودية بالمدينة المنورة برقم 50 تفسير ورقمها بمعهد البحوث 108 تفسير 2- جزء به تفسير سورة المؤمنون الى نهاية تفسير سورة العنكبوت عدد الأوراق 284 ورقه في كل صفحه 24 سطر وخطها مغربي وأصلها بدار الكتب المصرية برقم 15 تفسير. ورقمها بمعهد البحوث 106 تفسير.
3- جزء يبدأ من أول المصحف الى جزء من سورة آل عمران عدد الأوراق 248 ورقه في كل صفحه 23 سطر خطها مغربي وأصلها بدار الكتب المصرية برقم 15 تفسير ورقمها بمعهد البحوث 104 تفسير.
4- جزء به تفسير سورة المائدة الى بعض من سورة الأنفال عدد الأوراق 243 ورقة في كل صفحه 24 سطر خطها مغربي.
أصلها بالمكتبة المحمودية برقم 49 تفسير ورقمها بمعهد البحوث 107 تفسير.
5- جزء به تفسير سورتا آل عمران والنساء.
عدد الأوراق 205 ورقة في كل صفحه 23 سطر خطها نسخي معتاد أصلها بمكتبة أياصوفيا بتركيا.