وعند ما قامت الثورة المصرية سمي شيخا للجامع الأزهر في يوم الأربعاء 27 ذي الحجة سنة 1371/ 7 سبتمبر 1952، وكان قد أحيل على التقاعد منذ سنة 1950، ولما نحي اللواء محمد نجيب عن الحكم ونفي إلى مكان مجهول في 20 اوت 1953، وكثرت أمراضه الجسمية وهزلت صحته، مما عاقه عن القيام بمسئولياته بما يرضي ضميره وولوعه بالمطالعة، كل هذا دعاه إلى الاستقالة من منصب مشيخة الأزهر في 2 جمادى الأولى سنة 1373/ 8 جانفي 1954، وعقب الاستقالة قام برحلة إلى دمشق زار فيها شقيقه الشيخ زين العابدين، ثم عاد إلى القاهرة إلى أن أدركته الوفاة بعد ظهر يوم الأحد 13 رجب 1377/ 12 فيفري 1958، وترك وصية خطية طلب فيها دفنه بمقبرة آل تيمور حذو صديقه العلامة أحمد تيمور باشا الذي وجد منه المساعدة والعون عند قدومه إلى مصر سنة 1920، كما وجد منه النصح والتقدير خلال بقية السنوات، وقد طلب فخامة رئيس الجمهورية التونسية الرئيس الحبيب بورقيبة من الأستاذ الطيب السحباني سفير تونس بمصر السعي لدى عائلة الفقيد للموافقة على دفنه في أرض الوطن، ولم تقع الموافقة عليه بالايجاب لوصيته الخطية السالفة الذكر ومات عن غير عقب، وترك مكتبة نفيسة أهداها إلى زوجته.

مؤلفاته:

1) أسرار التنزيل، وهي تفسير للفاتحة وسورة البقرة وبعض آيات من سورة آل عمران والحج والانفال ويونس.

2) بلاغة القرآن، أشرف على طبعه الأستاذ علي رضا التونسي ابن شقيقه زين العابدين وطبع بالمطبعة التعاونية بدمشق سنة 1979، ص 216، جمعه مما نشر في المجلات.

3) تونس وجامع الزيتونة، أشرف على طبعه حفيده للأخ: المط، التعاونية بدمشق 1971 جمعه مما سبق نشره في المجلات أو الرسائل الصغيرة، وله علاقة بتونس، وخاصة تراجم العلماء المشهورين أمثال ابن خلدون،