وعندما جددها السلطان محمود أضاف لها رباطاً ومبنى بجوارها خاصاً للناظرين، وتقع المدرسة ملاصقة للمسجد النبوي الشريف بجوار باب السلام، وصفها علي ابن موسى أنها من أعظم مدارس المدينة المنورة. وتتكون هذه المدرسة من نحو أربعين غرفة، إضافة إلى سكن المدرس وحديقة صغيرة في فناء المدرسة. وقد أوقف على المدرسة العديد من الأوقاف منها منزل بحوش التاجوري العائد لمحمد بن مصطفى، كما جعل مخصصاً لمدرس المدرسة مقداره عُشرُ غلة الوقف1.

2- مدرسة كيلي ناظري: أسسها مصطفى أغا كيلي ناظري عام 1254هـ، ويتكون المبنى من ثلاثة أدوار يضم أربعاً وعشرين غرفة إحداها سكن للناظر، وأخرى للمدرس وثالثة للمكتبة والباقي لإقامة طلاب العلم، وفيها مسجد يستخدم مقراً للدراسة ومطبخ، واشترط الواقف أن يكونوا من الأحناف2.

3- مدرسة حسين أغا: أسس هذه المدرسة ناظر التكية المصرية حسين أغا كوزل أغا عام 1273هـ، وتقع المدرسة في الجزء الجنوبي من حارة الأغوات على طريق غير نافذ ينتهي بفسحة أمام المدرسة، ويتفرع من الطريق المارين المدرسة الرستمية ومنهل العين الزرقاء متجهاً جنوباً، ويتكون المبنى من دورين مشتملاً على عشرين غرفة وبها فناء داخلي وقاعتان كبيرتان عند المدخل الذي يقع في زاوية المبنى الشمالي الشرقي إضافة إلى المرافق المختلفة في الناحية الغربية منه. وكان يدرس بها أحمد أفندي البوزغاتي 3.