الأسطول الموحدي غانم بن مردنيش ودمر بعض سفن البرتغاليين وذلك في عام 575 هـ. وتبادل الطرفان النصر والهزيمة في حروب البحر، وقد أسر في إحداها غانم وأخوه أبو العلا وأطلقا بفدية كبيرة (?). وأراد هذا الخليفة أن يقود الجيوش بنفسه لتأديب مملكة البرتغال فعبر إلى الأندلس وحاصر مدينة لشبونة براً وبحراً، ثم حاصر مدينة شنترين، إلا أنه أصيب بهزيمة منكرة، واستشهد على أثرها عام 580 هـ (?). ومن أشهر قادة أساطيله أمير البحر أبو العباس الصقلي، وعلي بن الربرتير اللذان قادا أساطيله في معارك الجهاد هذه (?). وفي عهد الخليفة يعقوب المنصور (580 - 595 هـ) بدأ الأسطول البرتغالي بالتعاون مع الأساطيل الصليبية الأخرى الفرنسية والألمانية، بمهاجمة ثغور الأندلس الغربية وبخاصة مدينة شلب فسيطروا عليها عام 585 هـ، مما زاد في حراجة أمر الأسطول الموحدي. واستطاع هذا الخليفة الرد على هذا الهجوم الصليبي بأن عبر بقواته إلى الأندلس وهاجم أساطيل البرتغال في غربي الأندلس وانتصر عليها وذلك في عام 586 هـ، فاسترد مدينة شلب وقصر أبي دانس (?).

وفي عهد الخليفة الناصر (595 - 611 هـ) سيطرت الدولة الموحدية على الجزائر الشرقية عام 599 هـ بعد إعداد حملة بحرية كبيرة خرجت من دانية بقيادة ابن عمه أبي العلاء إدريس بن يوسف بن عبد المؤمن، والتي أفلحت في هذه المهمة (?). كما هاجم الأسطول الموحدي مملكة أرغون وأحرز على أساطيلها النصر وذلك عام 607 هـ (?).

وبعد هزيمة هذا الخليفة في معركة العقاب عام 609 هـ، بدأت المدن الأندلسية تتساقط بأيدي الممالك الإسبانية، وبدأ بعض زعماء الأندلس بالاستقلال أمثال محمد بن يوسف بن هود في مرسية، ومحمد بن يوسف بن نصر بن الأحمر في أرجونة وغرناطة.

وقد اعتمد ابن هود على الأسطول الأندلسي في هذه الفترة، وقد وضحنا كيف سيطر على سبتة ورباط الفتح وسلا في عدوة المغرب بعض الوقت. وبعد اغتيال ابن هود عام 635 هـ، بدأت مملكة غرناطة في الظهور على مسرح الأحداث.

أما الممالك الإسبانية فقد سيطرت على قرطبة عام 633 هـ، وعلى إشبيلية وقادس